Если строительная деятельность Ферапонтова монастыря
в XV- XVI веках не может идти в сравнение с грандиозным строительством Кириллова монастыря, то все же ее масштабы были по тому времени значительны. К середине XVI века монастырь уже имел несколько каменных зданий: собор, трапезную, казенную палату.
В 1614 году, когда Ферапонтов монастырь захватили казацкие отряды, его постройки подверглись сравнительно малому разорению. Однако экономический упадок, связанный с литовским нашествием, задержал дальнейшие строительные работы более чем на два десятка лет. К 1640-м годам относится кратковременный период нового подъема монастыря, вызвавший оживление каменного строительства.
Вслед за этим начался постепенный упадок всего монастырского хозяйства. Характерно в этом отношении показание сосланного сюда во второй половине XVII века патриарха Никона: "Жизнь в Ферапонтовом монастыре скудная, вотчинка за ним небольшая и крестьянишки обнищали до конца".
Пребывание Никона в Ферапонтовской ссылке, продолжавшееся
с 1666 по 1676 год, также немало способствовало разорению монастыря. Сосланный сюда после низложения его церковным собором, Никон не хотел считаться со своим падением и требовал воздаяния себе патриаршеских почестей. Этому способствовала неопределенность его положения. Периоды строгого, почти тюремного заточения чередовались со всевозможными поблажками и льготами. Опальный владыка не переставал надеяться на скорое возвращение, а монастырские власти вынуждены были считаться с капризами избалованного властью старца. Достаточно сказать, что для Никона выстроили по его указаниям какие-то особые хоромы - "кельи многие житей с двадцать пять", со "сходами и всходами". На строительство этих келий истратили немалую по тем временам сумму - 672 рубля. По распоряжению Никона среди Бородавского озера соорудили из камней искусственный остров, имевший форму креста. К столу бывшего патриарха доставлялись осетры, яблоки, арбузы. С девяти монастырей на его содержание ежегодно взимались всяческие припасы, а позднее - деньги в размере 839 рублей.
В 1676 году, после смерти Алексея Михайловича, положение Никона в монастыре резко ухудшилось. Патриарх Иоаким, его давний враг, предъявил ему многочисленные обвинения, в числе которых было и обвинение в сношениях с посланцами Степана Разина. Никона перевели под усиленный надзор в Кириллов монастырь, где он пробыл еще пять лет, почти до самой смерти.
С конца XVII века Ферапонтов монастырь находился на грани полного разорения. В 1798 году его упразднили, а церкви сделали приходскими. В XVIII и XIX веках древние монастырские здания подвергались перестройкам, многие из них сломали. В 1857 году вместо деревянных монастырских стен их обнесли невысокой оградой, частично сохранившейся до сего времени.