Молодые уехали в Венгрию, в комитат Шарош, где находились многие из родовых замков семьи Ракоци и Ференц Ракоци по праву был ишпаном. Слово «ишпан» восходит к славянскому «жупан» и находится в употреблении примерно с XI века, обозначая наместника провинции, принадлежащей к королевским владениям. В семье Ракоци родилось несколько детей: в 1695 году — дочь Шарлотта, 28 мая 1696 года — сын Дьёрдь-Липот (Леопольд Людовик Георг), 17 августа 1700 года — сын Йожеф (Иосиф), а в апреле 1701 года, когда Шарлотта Амалия ждала четвертого ребенка, ее муж был арестован по обвинению в государственной измене и препровожден в Австрию. Шпионы перехватили письмо князя Ракоци к Людовику XIV с напоминанием о его союзническом долге, расцененное властями как свидетельство нового антиправительственного заговора. Князя намеренно заточили в ту самую темницу в местечке Бечуйхей, где 30 лет назад был обезглавлен его дед Петер Зрини. Молодая княгиня Ракоци устроила мужу побег. Несколько месяцев князь скрывался в Польше, под Ченстоховом, у своего родственника гетмана Адама Щенявского. В Польше Ракоци заручился поддержкой шляхты и короля Августа II, курфюрста Саксонии.
В Венгрии давно было неспокойно. Куруцкая гвардия Имре Тёкёли то и дело бралась за оружие, время от времени вспыхивали крестьянские мятежи. Надежды народа на освобождение от ненавистного гнета Габсбургов и возврат древних венгерских свобод были связаны с Ференцем Ракоци II. И когда разразилась общеевропейская война за испанское наследство, в которой главным противником Австрийской империи стал французский абсолютизм, в начале мая 1703 года Ференц Ракоци II выпустил свой манифест из 24 пунктов, призывавший народ к восстанию. Он содержал гневные обвинения в адрес угнетателей и начинался словами: «Recrudescunt diutina inclytae gentis Hungariae vulnera…[3]» Эти слова и сейчас можно прочитать на постаменте конного монумента Ференца Ракоци II, который установлен напротив Парламента на главной площади Будапешта.
Как только войска под знаменем «Pro patria et libertate![4]» перешли через перевал Верецкеи в Карпатах, как когда-то на пути обретения новой родины это сделали мадьярские племена под предводительством князя Арпада, и вступили на территорию Венгрии, пожар восстания быстро охватил ее северные области и перекинулся в Трансильванию. Это было истинное народно-освободительное движение, где в одних рядах сражались представители родовитейших дворянских фамилий и их крепостные. Война длилась почти 8 лет.
В сентябре 1705 года в городке Сечень дворянское государственное собрание избрало Ракоци правящим князем Венгерской конфедерации, в апреле 1707-го в городе Марошвашархей (Тыргу-Муреш, Румыния) — князем Трансильвании, а в июне 1707 года в местечке Онод объявило о свержении Габсбургов с венгерского трона и провозгласило князя Ракоци королем Венгрии.