Сенат и Синод были подчинены Тайному совету, которым фактически управлял А. Д. Меншиков. Формально возглавлявшая Тайный совет Екатерина I всего лишь несколько раз присутствовала на его заседаниях. Ей быстро наскучили длинные доклады министров, и впоследствии она только ставила на указах свою подпись.
Петр I оставил в наследство Екатерине I множество нерешенных проблем: разоренное непомерными налогами крестьянство, купечество было крайне бедно, многие деревни опустели, на окраинах России был голод.
Члены Совета усмотрели во всех этих проблемах ошибки Петра I при введении реформ и обвиняли его в недальновидности, и Совет отказался внедрять подготовленные Петром I проекты и реформы. Срочно были сокращены расходы государства, налоги были уменьшены, численность армии снижена.
Тем временем в покоях императрицы царил нескончаемый праздник: балы, пикники, танцы, застолья. Екатерина завела себе любовника и ни от кого не скрывала своего увлечения. И в то же время она часто бывала в Петропавловском соборе и плакала над гробом Петра I. Меншиков пытался убедить Екатерину прекратить разгульный образ жизни, который пагубно влиял на ее здоровье. Но она не могла, да и не хотела остановиться.
Здоровье императрицы было уже основательно подорвано. У нее часто опухали ноги, мучил кашель, тогда она сутками вообще не вставала с постели. А почувствовав себя немного лучше, Екатерина I опять устраивала балы.
Предвидя скорую кончину императрицы, дальновидный Меншиков разработал план, по которому он мог быть у власти еще очень продолжительное время. Свою дочь Марию он решил выдать за внука Петра I – Петра Алексеевича. Этот план был одобрен Екатериной I, однако очень не понравился придворным. Они умоляли императрицу изменить завещание в пользу Елизаветы Петровны, но Екатерина I издавна и во всем доверяла Меншикову.
По составленному Меншиковым доносу были обвинены в заговоре против императрицы Бутурлин, Толстой, Девиер и другие недруги Меншикова. Екатерина I подписала указ об их ссылке всего за несколько часов до своей смерти. Успела она подписать и завещание, составленное А. Д. Меншиковым.
6 мая 1727 года Екатерина Алексеевна скончалась и была похоронена в Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге.