Как выше сказано, чехо-словацкие войска в это время уже уводились с фронта в тыл. Генерал Стефанек приложил все усилия, чтобы заставить их продолжать действовать на фронте, но его старания были тщетны. Деморализация Чешских войск при участии русских социалистов-революционеров, членов Учредительного Собрания, убеждавших чехов в недемократичности противубольшевитского правительства, шла полным ходом. Через некоторое время генерал Стефанек заявил адмиралу Колчаку, что нет никакой возможности заставить чехов продол жать воевать и всего лучше вывести их из Сибири. Но для этого у союзников не имелось пароходов, которые были заняты перевозками демобилизуемых союзных войск, поэтому в ожидании освобождения пароходов было решено разместить чехо-словацкие войска вдоль железной дороги от Ново-Николаевска до Иркутска для ее охраны.
Так как других союзных войск на противубольшевистском фронте не было, то власть союзного главнокомандующего генерала Жанена фактически сводилась к охране вышеуказанного участка железной дороги. Не ограничившись командованием чехо-словацким и войсками, генерал Жанен начал формировать в тылу войска других национальностей: польские, сербские, румынские и т. п. Эти формирования только отвлекали снабжение от русской армии и загромождали железную дорогу воинскими грузами, предназначенными для частей, не воюющих с большевиками на фронте.
Крайне неблагоприятным фактором в борьбе с большевиками в Сибири явилось преступное поведение социалистов-революционеров. Как выше сказано, после переворота 18-го ноября деятельность этой партии ушла в подполье. Центральный комитет партии выпустил из Уфы следующее Секретное постановление: «Партийным организациям вменяется в обязанность немедленно реорганизоваться применительно к условиям нелегальной работы, не отступая на полумерах, способных разлагать энергию, не выводя Организацию из-под репрессий. Партийные орган и должны вернуться к методам и формам работы, практиковавшимся при самодержавном режиме, объявив беспощадную борьбу на жизнь и на смерть режиму единоличной диктатуры, не отступая ни перед какими способами борьбы». Далее говорится «энергичные шаги должны быть предприняты фракциями, группами членов партии, местных городских и земских самоуправлений и особенно членами наличных, не успевших ликвидироваться областных правительств». Затем предписывается вести противуправительственную агитацию среди чехо-словаков и в армии. Таким образом, земские и городские самоуправления, в которых было значительное число членов этой партии, избранных еще по законам Временного Правительства в 1917 году, с этого момента стали органам и партийной борьбы.