На Пасху 1916 г. А. В. Колчак был произведен в чин Контр-Адмирала. Весной 1916 года, как только состояние льда позволило, он возобновил минные заграждения при входе в Рижский залив, пользуясь ледокольными судами, а потом опять сосредоточил туда минную дивизию. Тогда же, получив сведения о выходе из Стокгольма каравана немецких судов с грузом руды, под защитой вооруженных судов, Колчак с миноносцами совершил на них нападение, рассеял пароходы и потопил одно из конвоирующих судов. Это было последним его делом в Балтийском море.
28 июня 1916 года он был произведен в чин Вице-Адмирала и назначен Командующим флотом Черного моря. Можно сказать, что история деятельности Колчака в Балтийском море есть история этого флота во время войны. Каждое боевое предприятие совершалось по планам им разработанным, в каждую операцию он вкладывал свою душу, каждый офицер и матрос понимал, что его ведет Колчак к успехам. Балтийский флот не только выполнил свою основную задачу оборонить Финский залив от неприятеля, но и расширил свою деятельность, включив в район обороны Рижский и Ботнический заливы и произведя ряд активных операций у неприятельских берегов.
Ко времени назначения Колчака командующим флотом Черного моря обстановка на этом море складывалась так: наша Кавказская армия, взяв Трапезунд и Эрзерум, требовала подвоза провизии, снабжения и материалов морем из Новороссийска и Батума на Трапезунд. Наши армии Юго-Западного фронта получили зерно из хлебных портов Хорлы и Скадовск морем через Одессу. Одесский район снабжался углем морем из Мариуполя. Поэтому морской транспорт имел первостепенное военное значение. В 1917 г. намечено было выполнение глав ной нашей задачи — занятие нами проливов Босфора и Дарданелл. От флота требовалась активная боевая деятельность, поэтому командующим им и был избран наиболее энергичный и активный адмирал русского флота. Во время назначения Колчака я командовал эскадренным миноносцем «Казанец», входившим в состав минной дивизии Балтийского флота. Адмирал Колчак вызвал меня к себе и предложил ехать с ним в Черное море флаг-капитаном оперативной части. Он мне сказал: «Я считаю, что командующий флотом и флаг-капитан должны иметь одинаковые взгляды на ведение войны, я знаю ваши взгляды и потому предлагаю вам ехать со мной». Я, конечно, без колебаний согласился.
Через два дня Колчак был в Петрограде, откуда, после свидания с морским министром адмиралом Григоровичем, мы выехали в Могилев в Ставку Верховного Главнокомандующего. В Ставке имели счастье быть представленными Государю Императору, неоднократно беседовавшему с адмиралом Колчаком и напутствовавшего его иконою. Начальник Штаба, генерал адъютант Алексеев и Начальник Морского Штаба адмирал Русин весьма подробно изложили положение на всех театрах военных действий и передали нам директивы касательно задач Черноморского флота.