18 марта 1992 года Наджибулла предложил передать власть переходному правительству и 16 апреля оставил свой пост. Незадолго до захвата Кабула моджахедами Наджибулла успел с доверенными лицами переправить супругу Файтану Гайлани с тремя дочерьми и сестру Лейли в Дели последним самолетом, сам же укрылся на территории индийского посольства, а затем — в здании представительства ООН в Кабуле. Вместе с ним остались его брат, начальник управления охраны МГБ Шапур Ахмадзай, начальник канцелярии Исхак Тухи и начальник личной охраны Джафсар.
Сменявшие друг друга в ходе гражданской войны правительства страны требовали от ООН выдачи Наджибуллы. В 1995–1996 гг. вопрос о предоставлении политического убежища Наджибулле поднимался при поддержке ООН даже Госдепартаментом США. Но это предложение не было поддержано Россией: Наджибулла, как и многие другие члены НДПА, был шокирован высказыванием, прозвучавшим в интервью тогдашнего российского министра иностранных дел Андрея Козырева, о «нежелании Москвы иметь дело с осколками прошлого афганского режима».
* * *
26 сентября 1996 после захвата Кабула силами исламского ополчения «Талибан» Наджибулла, его брат и трое других бывших членов правительства были вывезены боевиками из своего убежища. Утром 27 сентября 1996 жители Кабула проснулись от звуков барабана (в Средневековье так доводили до сведения народа решения и указы правителей), которым приглашали народ посмотреть на грядущее повешение Наджибуллы.
На его теле было заметно множество ранений и следов пыток, что косвенно подтверждает слова очевидцев о том, что сначала с Наджибуллой «встретились» представители пакистанских спецслужб и сам глава внешней разведки страны. Утверждается, что ему предлагалось подписать документы, официально признающие «линию Дюранда» (острый двусторонний спор об установлении четкой афгано-пакистанской границы), от чего экс-пре-зидент отказался. Его пытали и зверски избивали.
Привязав истерзанного бывшего президента к машине, талибы протащили его до перекрестка Ариана, находящегося возле президентского дворца Apr, где и повесили вместе с братом — генералом Шапуром Ахмадзаем — на автокране. Издеваясь над телами убитых, они вставляли между их пальцами купюры афгани и сигареты.
Последние дни Мухаммеда Наджибуллы и по сей день вызывают множество вопросов. По некоторым сведениям, перед падением Кабула Наджибулла встречался с некими лицами, которые уговаривали его не покидать город. Эмиссары Талибана встречались с его женой, говоря ей, что «Талибан» собирается не просто взять Кабул, а восстановить Наджибуллу у власти. Согласно книге Ахмеда Рашида «Тень Талибов», Наджибулла попал в руки талибов между 1 и 2 часами ночи; он также пишет, что бывший президент был повешен не на веревке, а на электропроводе. Ходит легенда, что перед смертью Мухаммед Наджибулла выхватил автомат (по другой версии пистолет) у конвоировавшего его пуштуна и завязал бой, в котором погиб, а повешен он был уже мертвым.