С 1881 года Юлий Михайлович был женат на Л. И. Скворцовой, которая всю жизнь посвятила заботам о муже. Их дочь Зинаида Юльевна Шокальская много лет работала директором Центрального музея почвоведения имени В. В. Докучаева Академии наук СССР.
Екатерина Ермолаевна до конца дней своих жила в семье сына в квартире на Английском проспекте и умерла 6 февраля 1904 года. На этом доме теперь установлена мемориальная доска, посвященная академику Шокальскому. После смерти матери Юлий Михайлович обнаружил в кладовке её портрет работы неизвестного художника, изрядно помятый и поцарапанный. Один из лучших учеников Репина отреставрировал портрет, и он долго висел в кабинете Шокальского. Зинаида Юльевна хранила его до самой смерти (24 января 1961 года); сейчас портрет Е. Е. Шокальской–Керн находится в экспозиции Пушкинского музея–заповедника в Тригорском.
Академик Шокальский писал о матери музыковеду А. Н. Римскому–Корсакову: «Она скончалась в 86 лет и до последнего момента была ясна в мыслях и вспоминала Михаила Ивановича постоянно всегда с глубоким горестным чувством. Очевидно, она его любила до конца своей жизни». Год её смерти совпал со 100–летним юбилеем великого русского композитора. «Страдая какой–то манией истребления, – сообщил Юлий Михайлович в 1905 году Б. Л. Модзалевско–му, – она в конце жизни сожгла свою переписку с Глинкою».
Михаил Иванович Глинка умер 3 февраля 1857 года. Анна Петровна присутствовала на панихиде в Конюшенной церкви. «Его отпевали в той же самой церкви, – вспоминала она, – в которой отпевали Пушкина, и я на одном и том же месте плакала и молилась за упокой обоих!»
Анна Петровна вместе с мужем часто навещала свою старинную подругу, сестру Пушкина Ольгу Сергеевну. В письме сыну от 19 мая 1857 года О. С. Павлищева упоминает об одном таком визите: «Виноградский неизбежный читал свои поэтические произведения, которые совсем не дурны»[69].
Осенью 1857 года князь С. А. Долгоруков вышел в отставку и отправился со всей семьёй за границу. Домашнему учителю его детей Маркову–Виноградскому было предложено последовать с ними, но без жены и сына, на что он, разумеется, не согласился. Правда, Александр Васильевич в дневнике изобразил ситуацию несколько иначе – написал, что 30 сентября Долгоруковы просто «отказали ему в продолжении занятий, не вознаградив за трёхлетний труд ничем». Между тем Александрина Долгорукова пыталась пристроить его на государственную службу и рекомендовала его сначала М. Н. Мусину–Пушкину, затем князю П. А. Вяземскому и А. С. Норову; но ничего не удалось сделать, поскольку в послужном списке Александра Васильевича была запись о его судимости.