Председателем КГБ Бакатин был назначен по инициативе Горбачева, что наводит на серьезные размышления. Ведь Горбачев и его ближайшее окружение никак не реагировали на предупреждения КГБ об угрозах для безопасности страны. Видимо, Горбачев решил поставить во главе КГБ своего человека, чтобы «охладить пыл» чекистов, которые, мол, по старинке видят в лице Запада врага СССР. И поскольку отношения с Западом внешне изменились, а сам «Горби» превратился в кумира Европы и Америки, то органы госбезопасности должны стать «мягче» по отношению к деятельности зарубежных спецслужб на территории СССР. Этот более «широкий» подход и должен был обеспечить Бакатин… Так думали на Лубянке некоторые кадровые сотрудники. Однако они жестоко ошиблись: произошло нечто невероятное — Бакатина прислали для того, чтобы учинить настоящий разгром органов госбезопасности, по сути ликвидировать стройную систему КГБ. Он даже не скрывал поставленной перед ним задачи. В своей книге «Избавление от КГБ» Бакатин красуется ролью уникального в мировой истории временщика, возглавившего важнейший государственный институт для того, чтобы уничтожить его. Не думаю, чтобы этот бывший первый секретарь обкома КПСС не понимал, что его намерения по сути носили оттенок антигосударственной, преступной деятельности. Видимо, в то время он рассчитывал на полную безнаказанность, на «вечную» защиту своих покровителей. Но не ошибся ли он?..
Одно из первых распоряжений Бакатина ошеломило чекистов — он потребовал провести тщательное расследование вопроса о возможной причастности КГБ к покушению на Папу римского, совершенного 13 мая 1981 года на римской площади Святого Петра турецким террористом Агджой. Новоиспеченный босс ведомства не мог, конечно, не знать, что Агджа уже второй десяток лет отбывал пожизненное тюремное заключение и что это дело было давно закрыто. Что же привлекло Бакатина в «деле Агджи»? С какой целью принялся он ворошить его?
Профессионалы КГБ хорошо знали подоплеку этого дела. Своими корнями оно уходило в большую политику. В 70—80-е годы США цинично присвоило себе право объявлять. «террористическими» отдельные государства и целые народы, если те отказывались следовать в фарватере американской политики «нового мирового порядка». Такого рода политические ярлыки были одним из методов силового давления со стороны США, чтобы загнать непокорные государства «в угол» и добиться от них существенных уступок. В отношении несогласных использовались и военные и психологические приемы воздействия. Это был настоящий государственный терроризм.