Научно-методическое наследие В.А. Ковшикова составляет 70 научных и научно-методических трудов, большинство из которых посвящено проблеме моторной алалии. Многогранность исследуемых В.А. Ковшиковым теоретических и методических вопросов по данной проблеме отражает глубину его научной мысли: механизмы экспрессивной алалии, дифференциальная диагностика языковых и речевых нарушений, интеллектуальная и языковая недостаточность в общей картине речевого дизонтогенеза индивидуальные особенности детей с алалией, специфики нарушений фонематических, синтаксических систем языка, речевой и неречевой деятельности – это и многое другое было предметом его тщательного исследования.
Исследования нормальной и нарушенной речевой и неречевой деятельности В.А Ковшиков проводил на основе лингвинистических, психолингвинистических и логопатопсихологических методик, продолжая и развивая традиции отечественной психологической и логопедической школы (Н.Н. Трауготт, В.К. Орфинская, А.А. Леонтьев и др.).
Коррекционную работу с детьми, страдающими алалией, В.А. Ковшиков рекомендовал направлять на формирование языкового механизма речевой деятельности, используя концентрическую систему распределения материала; при этом каждый концентр, по его мнению, должен включать постепенно усложняющийся материал всех подсистем языка (лексический, морфологический, фонематический). В.А. Ковшиков, прекрасно зная отечественную и зарубежную литературу, справедливо подчеркивал, что многое в проблеме алалии по-прежнему остается недостаточно изученным и дискуссионным. Решение проблемы успешной коррекции алалии может быть успешным только при условии использования и углубления современных представлений о речевой деятельности человека.
В.А. Ковшиковым разработан также оригинальный учебный курс по историографии отечественной логопедии.
В.А. Ковшиков был в подлинном смысле этого слова общественно активным человеком, принимал самое непосредственное участие в культурно-массовых и воспитательных мероприятиях, много времени уделял приобщению студентов и научно-исследовательской работе, внимательно и очень заинтересованно относился к овладению студентами профессиональным мастерством. Идеи ученого нашли свое воплощение и получили развитие в дипломных работах и в кандидатских диссертациях его учеников, многие из которых стали ведущими специалистами в области коррекционной педагогики. Все они с благодарностью и большим теплом вспоминают своего учителя, его яркие интересные лекции, полемические научно-методические дискуссии, оригинальность суждений, убедительность и доказательность научной аргументации, его искреннюю преданность «делу логопедии».