К счастью, писателю помогли друзья, занявшие высокие посты при маньчжурах. В 1648 году Ли Юй переехал в Ханчжоу и поселился возле озера Сиху, воспетого поэтами. Воспел его и Ли Юй в некоторых своих стихотворениях и рассказах. В Ханчжоу началась плодотворная и активная литературная деятельность писателя. Здесь он написал большую часть своих пьес, цикл повестей, названных «Беззвучными пьесами», некоторые произведения, впоследствии вошедшие в книгу «Двенадцать башен».
Прожив в Ханчжоу десять лет, Ли Юй переехал в Нанкин, прежнюю столицу империи Мин, крупный торговый и культурный центр. Здесь в разные годы жили многие общественные деятели, литераторы, ученые, не пожелавшие служить новой власти. Их взгляды оказали большое воздействие на общественную мысль той поры.
В Нанкине Ли Юй прожил двадцать лет — до 1678 года — и прославился как литератор, теоретик и практик театра, а также как книжный издатель. О популярности Ли Юя среди некоторых слоев интеллигенции можно судить по весьма широкому кругу его друзей и знакомых. Среди них такие знаменитые люди, как поэт и драматург У Вэйе, поэт Ван Шичжэнь, ученый и литератор Цянь Цяньи, исследователь классики Ма Цилин. Еще в молодые годы Ли Юй был знаком со знаменитым Фэн Мэнлуном — автором трех больших сборников повестей «Троесловие», с художником-иллюстратором Чэнь Хуншоу и другими. Характерно, что среди друзей и знакомых Ли Юя было немало представителей «низов»: актеров, торговцев.
Творческая деятельность Ли Юя в это время весьма разнообразна. В Нанкине Ли Юй пишет литературные произведения, сочинения по истории, занимается исследованиями в области искусства. Важную сферу его деятельности составляет издательская работа. В своей небольшой усадьбе, которую он назвал «Садом с горчичное зерно», он издавал разные книги по литературе, искусству, истории. Он был одним из тех деятелей культуры XVII века, который активно пропагандировал издание образцов демократической литературы. В его печатне появились первые выпуски замечательной энциклопедии рисовального искусства — «Слово о живописи из Сада с горчичное зерно». Авторами статей были нанкинские художники — друзья и знакомые Ли Юя, а также он сам.
Особым поприщем Ли Юя стал театр. Ли Юй создал своеобразную домашнюю труппу, выступавшую в Нанкине и его окрестностях, а также в других городах страны, куда приглашали Ли Юя его друзья.
В конце семидесятых годов, после долгих скитаний со своей труппой. Ли Юй вернулся в Ханчжоу. Умер он в 1679 году (иногда упоминается 1680 г.). Спустя более ста лет в сборнике эссе некоего Чжао Куаньфу промелькнула такая запись о Ли Юе: «В последние годы Ли Юй выбрал место для жилища на восточном склоне горы Обитель облаков. Если подняться по ступеням и посмотреть вниз, увидишь городскую стену с вратами и озеро Сиху. Дымчатые облака по утрам и вечерам здесь самой причудливой формы. Ли Юй назвал это место Ступенчатым садом... К писателю приходили гости. Не было дня, чтобы здесь не звучали музыка и пение. И вот он умер и похоронен на восточном склоне горы Девяти светил...»