Во время его отсутствия судьба дворца была странной. В 1793 года Конвенту, который к тому времени успел переполнить все парижские тюрьмы, стало не хватать места. Тюрем оказалось недостаточно, а так как огромное здание Люксембургского дворца пустовало, им решили воспользоваться. И вот дворец, названный «Национальным Домом безопасности», превращен в тюрьму.
Вначале там хотели поместить Людовика XVI после разграбления дворца Тюильри, но Коммуна Парижа воспротивилась: слишком много королевского в этом дворце, и к тому же его было бы неудобно охранять. На новоселье в «Национальный Дом Безопасности» были приведены 2 июня 1793 года двадцать два депутата-жирондиста. В обращении с этими первыми представителями французской нации, посаженными в Люксембургскую клетку, еще сквозило некоторое уважение. Вскоре к ним присоединились оказавшиеся во Франции англичане, а потом — все те, кого уже некуда было деть. Цифры выразительны. В течение года число заключенных выросло с 22 до 818. Среди этих несчастных оказались носители величайших имен Франции: все семейство де Ноай, герцог Леви, председатель Николаи, граф де Мирепуа, многие другие. Вскоре те, кто посылал их на эшафот, тоже окажутся здесь: Дантон, Эбер, Камиль Демулен, Фабр д'Эглантин (который, однако, уже не будет распевать «Дождит, моя пастушка»), Эро де Сешель.
После 9 термидора наступили перемены, и какие! Еще больше заключенных! Художники. Особо упомянем Давида, который нашел здесь достаточно места, чтобы работать над гигантским «Похищением Сабинянок». Но всему свое время: вот уже учреждена Директория…
Вначале здесь обустраивают Залу Заседаний, потом — комнаты для одного из членов Директории, Барраса, разумеется. Остальные четверо устроились в Малом Люксембургском дворце, и так продолжалось до того момента, как Бонапарт, ни с чем не считаясь, сам переехал туда; ожидали, правда, что там обустроится Сенат (после соглашения в Кампо-Формио).
Именно здесь — поселившись во дворце 11 ноября 1799 года — однажды вечером он принял человека, который причинял ему наибольшее беспокойство, главу шуанов Жоржа Кадудаля.
Бонапарт послал в Бретань генерала Эдувиля, пытаясь договориться с человеком, который, как назло, пользовался репутацией самого неподкупного. На его стороне была сила, и Бонапарту было необходимо заручиться этой силой, и ее лояльностью.
Можно себе представить сцену. Первый Консул под одновременно гневным и восхищенным взглядом Бретонца, блондина с бычьей шеей, в котором чувствовалась сила и дородность, человека, с которым уже столько лет воевала армия Республики. Но переговоры были загублены на корню, ибо в это же утро Кадудаль узнал о засаде, где погиб другой шуан, маркиз де Фротте, расстрелянный войсками Консула. И Кадудаль слабо верил в то, что этот бледный вояка с длинными черными волосами и сверкающими глазами, действительно стремится к миру.