По обычаю императоры короновались в Риме; однако после высадки в Генуе в середине августа Карл получил известия о турецком нашествии и сразу же решил, что в такое время путешествовать настолько далеко в глубь полуострова было бы неразумно. Дело было не только в продолжительности поездки, но и в том, что, уехав слишком далеко, он мог бы оказаться опасно отрезанным в случае турецкого наступления. К папе Клименту поспешили гонцы, и было решено, что в подобных обстоятельствах церемония должна быть проведена в значительно более доступной Болонье, которая все еще оставалась под сильным папским контролем. Даже тогда сохранялась неопределенность: на пути в Болонью в сентябре Карл получил срочный призыв от Фердинанда и почти отказался от своих коронационных планов, чтобы мчаться на помощь брату. Только после долгих размышлений он наконец решил, что поступать таким образом не имело смысла. Он мог достичь Вены лишь к тому моменту, когда город был бы уже взят, или султан отступил бы на зиму; и в любом случае тех небольших сил, что были с ним в Италии, было бы недостаточно, чтобы перетянуть чашу весов.
Итак, 5 ноября 1529 года Карл V официально вступил в Болонью, где перед собором Сан Петронио его встречал папа Климент. После короткой церемонии приветствия оба удалились в палаццо дель Подеста, через площадь. Для них были приготовлены апартаменты по соседству; слишком много надо было сделать, много нерешенных вопросов надо было обсудить и разрешить, прежде чем могла бы состояться коронация. В конце концов прошло всего два года, с тех пор как Рим был разграблен имперскими войсками, а сам Климент был фактически пленником Карла в замке Сант-Анжело; так или иначе, дружеские отношения нужно было восстановить. Затем нужно было составить отдельные мирные договоры со всеми бывшими итальянскими врагами империи, самыми значительными из которых, помимо самого Климента, являлись Венеция, Флоренция и Милан. Только когда повсюду на полуострове установился бы мир, Карл счел бы справедливым преклонить колени перед папой, чтобы получить императорскую корону. Дата коронации была назначена на 24 февраля 1530 года, и приглашения были разосланы всем христианским правителям. Карл и Климент отвели себе чуть менее четырех месяцев на урегулирование будущего Италии.
Император имел преимущество. Безусловно, ни одно из итальянских государств не было в состоянии отклонить любые условия, какие он пожелал бы навязать. Однако его целью было установить мир не временный, но продолжительный, чтобы только иметь возможность сосредоточить внимание, как свое, так и всего христианского мира, на турецкой угрозе. И Карл был полон решимости идти на уступки где только возможно. По договору, который он заключил с Венецией 23 декабря, республика была обязана — вполне ожидаемо — вернуть Трани, Монополи и другие города и земли в Апулии Неаполитанскому королевству, принадлежавшему Карлу; и, в качестве подачки папе Клименту, вернуть бывшие папские города Равенну и Червию святейшему престолу. Однако эти территориальные потери не нанесли серьезного ущерба благополучию республики. В областях, которые действительно имели значение, — в Ломбардии, Фриули и Венето — все ее владения были подтверждены; но она с некоторой горячностью протестовала, когда Карл предложил возвести на миланский трон Алессандро де Медичи, и император фактически согласился восстановить на троне Франческо Сфорца (несмотря на то, что тот доблестно сражался на стороне французов), настояв лишь, чтобы в замке в центре города по-прежнему находились испанские войска.