Вскоре, однако, папа показал себя в другом свете, причинив дожу Гримани и его подданным немало беспокойства. Кризис начался со смерти Алонсо, герцога Феррарского. случившейся незадолго до того. Не имея собственных сыновей, герцог сделал наследником своего кузена, дона Чезаре д'Эсте; но папа отказался признать законность этого наследования на том основании, что дон Чезаре, хотя и был позднее признан, но родился вне брака. Папа утверждал, что теперь герцогство должно вернуться к церкви. Неудивительно, что новый герцог энергично оспаривал это требование, вследствие чего папа направил армию под командованием одного из своих наиболее воинственных кардиналов, чтобы захватить Феррару силой, одновременно послав за помощью в Венецию.
Здесь заключалась проблема. Герцоги Феррарские не были достаточно сильны, чтобы причинить Венеции какие-либо серьезные неприятности, но могущественный папа у самых границ, контролирующий крайне важную дельту реки По, — совсем другое дело. С другой стороны, если бы республика последовала своему чутью, сохранила свой теперешний нейтралитет и отказала Клименту в военной помощи, он вполне мог обратить оружие против нее самой; Испания, всегда бдительно выжидающая возможности разделаться с Венецией, тут же выступила бы на стороне папы, и последующая война могла бы иметь еще более опасные последствия. Республика решила дать уклончивый ответ, указав посланнику папы, что первой необходимостью всегда был мир в Италии и что проблемы вроде той, что возникла сейчас, всегда предпочтительнее решать с помощью переговоров, нежели силы. Если необходимо посредничество, Венеция будет счастлива предложить свои услуги.
Ситуация быстро разрешилась сама собой. В январе 1598 года, прежде чем Венеции пришлось бы прийти к определенному решению вмешаться, дон Чезаре — его боевой дух был подорван известием, что папа отлучил его от церкви — сдался папским силам, согласившись уступить Феррару и всю территорию герцогства в обмен на возвращение в лоно церкви и одну или две небольшие уступки, которые практически ничего не стоили бы Клименту. Очень обрадованный успехом, папа лично прибыл, чтобы вступить во владение своей новой провинцией, и триумфально вступил в Феррару, куда Венеция, вынужденная содействовать неизбежному, отправила четырех послов принести папе поздравления.
К несчастью, разногласия с папой на этом не закончились; на самом деле проблемы только начинались. Сначала Климент предпринял новые попытки уменьшить контроль республики над местным духовенством; затем он выразил протест, когда Венеция наняла некоего Марко Шарра, отлученного от церкви, для борьбы с ускоками; далее последовал конфликт по поводу границ и навигации на реке По; затем папа возмутился, когда Венеция собралась обложить духовенство Бреши, наравне с обычными горожанами, налогом на восстановление крепостных укреплений; и в 1600 году последовал новый, еще более серьезный конфликт, и снова по поводу юрисдикции. На этот раз дело касалось небольшого городка Ченеда,