В то время турецкий трон занимал полубезумный султан Ибрагим, который всю свою жизнь, до вступления на престол в 1640 году, провел в турецком дворце фактически как узник; за свое короткое правление он запомнился как жестокий, легкомысленный и безнравственный правитель, которому суждено было погибнуть от рук своих же разгневанных подданных в 1648 году. Узнав о судьбе судна, он пришел в бешенство и приказал немедленно убить всех христиан в его империи. К счастью, позднее его убедили отменить этот приказано вскоре стало ясно, что он обдумывал карательную экспедицию. Венецианские агенты сообщили, что в Босфоре снаряжается огромный военный флот. Сначала предположили, что этот флот направят на Мальту, предположение это было подкреплено официальным заявлением в марте 1645 года; однако депеша от венецианского байло пришедшая в Венецию из Константинополя, содержала срочное предупреждение о том, что это обманный маневр. Султан, утверждает он, убежден, что за всей той историей стояли венецианцы — иначе зачем пираты стояли прямо у Крита? Венеция, а не рыцари ордена иоаннитов, была его настоящим врагом; Крит, а не Мальта — его непосредственная цель.
Вскоре выяснилось, что байло прав. 30 апреля турецкий флот в составе четырехсот парусных судов, с примерно 50 000 воинов на борту, прошел через Дарданеллы. Сначала они двигались на Мальту, как и было объявлено, проходя как раз мимо Крита и направляясь к Наварино (современный Пилос, на юго-западной границе Пелопоннеса) для пополнения боеприпасов и продовольствия. И только на обратном пути 21 июня выяснилось, что курс изменился. Через три дня флот скрылся из виду у мыса Спата, и 25 июня армия захватчиков высадилась чуть западнее Ханьи и вошла в город. Начался первый этап сражения.
Крит — или, как венецианцы стали именовать его по названию столицы, Кандида — был первым венецианским приобретением, став колонией с 1211 года; остров отошел к Венеции после того, как франки захватили Константинополь. Его правительство состояло из местных граждан, а его глава носил титул дожа (однако состоял на службе только 2 года). Существовали местная синьория и Большой совет, но эта система никогда не работала так же, как в Венеции. Самые богатые районы острова находились на территории обширных феодальных поместий, которыми владели знаменитые венецианские семейства, чьи несметные состояния и занимаемое положение помогли завоевать любовь местного греческого населения. Эти семейства по очереди жаловались на отсутствие реальной политической власти; все главные чиновники, занимающие ключевые посты, присланы из Венеции, где принимались все важные решения. Оборону в мирные времена поддерживали благодаря феодальным отрядам (которые набирали и содержали за счет крупных землевладельцев) и местного народного ополчения из горожан и крестьян; однако обе стороны хотели отделаться от своих обязанностей, и дисциплина явно страдала. Взяточничество и коррупция были обычным явлением, казна всегда пустовала, а сама колония являлась неизменным источником ресурсов Венеции. В 1574 году дело дошло до того, что прислали некоего Джакомо Фоскарини, чиновника с особыми полномочиями, чтобы тот провел реформы. Очень скоро он добился значительных успехов: ввел более точную систему учета и справедливые методы налогообложения, уничтожил коррупцию, возродил набор рекрутов и народное ополчение, привел в порядок разрушенные укрепления. Однако после его отъезда жители Крита постепенно вернулись к прежнему укладу. А теперь, когда нависла угроза турецкой атаки, венецианское правительство приказало провести новую, очень решительную программу, отправив вместе с армией в две с половиной тысячи человек, включая военных инженеров, флотом, насчитывавшим 30 галер и 2 галеаса, своего главного проведитора — Андреа Корнаро. Команду предполагалось набрать уже на самом острове. Потом начали готовить флот, который должен был как можно скорее выйти в море. Это произошло 10 февраля 1645 года. С флотом отправили дополнительную сумму в размере 100 тысяч дукатов и распоряжения Корнаро, чтобы тот принял все необходимые меры для отражения противника. Корнаро, подобно Фоскарини, действовал разумно и эффективно; однако средств, которыми он располагал, не хватало для выполнения порученного ему задания, не хватало и времени. Даже когда он спешил к береговому плацдарму в роковой июньский день, он должен был знать, что Шансов удержать остров практически нет.