Одновременно в стране начали проводиться широкие репрессии против парчамистов, которые быстро перекинулись на все слои афганского общества. Физическому уничтожению подверглись также члены леводемократических и либеральных организаций и группировок, представители интеллигенции, торгово-промышленной буржуазии, духовенства и даже стоящие на принципиальных отличавшихся от позиций Амина представители крыла «Хальк». Вместо ожидаемого блага революция несла народу смерть, пытки страдания, кровь, насилие…
Обострение раскола в НДПА оказало самое губительное влияние на армию, приведя к гонениям на противников крыла Тараки — Амина и в вооруженных силах. В ходе чисток немало офицеров и генералов было уволено из армии, а часть репрессирована. Оставшиеся на свободе получили указание уйти в подполье и укреплять свои позиции в вооруженных силах.
Формально основой для таких действий X. Амина послужили шаги, предпринятые Б. Кармалем после апрельского переворота Будучи назначенным на должность заместителя председателя Революционного совета ДРА он в июне 1978 г. провел съезд парчамистов пагмане, на котором была выработана программа взятия ими власти в стране. Это, конечно, стало известно Хафизулле Амину который и принял соответствующие меры. В конце июня постепенно отстраняемый от власти Б. Кармаль «согласился» на должность посла в Чехословакии. Но, отбывая в ЧССР, он заявил своим соратникам что еще вернется, но с красным флагом в руках. Затем через семь-десять дней другие лидеры «Парчам» распрощались со своими постами в правительстве и были назначены послами: Н. А. Hyp — в Вашингтон, А. Вакиль — в Лондон, Анахита Ротебзад — в Белград, М. Барьялай — в Пакистан, М. Наджиб — в Тегеран. За С. Кештмандом, М. Рафи и другими активистами «Парчам», оставшимися в Кабуле, установили слежку. В августе было сфабриковано дело по обвинению в заговоре против государства многих видных деятелей партии, активных участников Апрельской революции. Решили предать их смертной казни. И лишь после неоднократных обращений советской стороны С. М. Кештманду, А. Кадыру и М. Рафи смертную казнь заменили длительными сроками тюремного заключения (как потом выяснилось, во время допросов к С. М. Кештманду, А. Кадыру, другим пленникам X. Амина применялись пытки электротоком).
В результате проведенных «мероприятий» существенно изменился персональный состав партийных и государственных органов Афганистана, в них стали преобладать представители фракции «Хальк». Одновременно с этим на руководящие должности в государстве и армии назначались в основном пуштуны.