Броневая палуба в пределах цитадели сохранилась в том же виде, что и на типе «Кинг Джордж V» и непостроенных «лайонах». Она по-прежнему перекрывала пояс по верхней кромке и имела толщину 150 мм над погребами и 125 мм над энергетической установкой. Изменения здесь не производились по весьма простым причинам: во-первых, горизонтальная защита британских линкоров так и не подверглась существенной проверке в боевых условиях, а во-вторых, сколь-нибудь кардинальные изменения потребовали бы значительных затрат и дополнительного веса, чего создатели «Вэнгарда» как раз и старались избежать. Впрочем, защиту погребов в очередной раз немного усилили, установив дополнительные горизонтальные плиты мягкой стали толщиной 37 мм по их верхней кромке. В сумме это обеспечивало 7,5-дюймовое горизонтальное прикрытие наиболее уязвимого объекта на корабле — значение, сравнимое с лучшими зарубежными кораблями. Палубное бронирование ЭУ вряд ли можно считать достаточным по меркам конца войны, однако основной расчет здесь был на тщательное разделение на отсеки, так что в результате одиночного попадания бомбы или снаряда с пробитием потеря скорости (теоретически!) была бы умеренной (3–5 узлов).
Важным новшеством стал броневой пояс в оконечностях, отчасти возвращавший «Вэнгард» от схемы «все или ничего» к традиционной англо-германской схеме бронирования. Правда, большая длина и плотная весовая нагрузка не позволили обеспечить большую толщину защиты оконечностей. Она официально называлась «противоосколочной» и состояла из листов нецементированной брони толщиной 51–64 мм, прикрывавших пространство по внешнему борту между нижней и средней палубами. Пояс в носу имел высоту 2,45 м и заканчивался на расстоянии 3,5 м от форштевня; в корме он был шире — 3,4 м и прикрывал рулевые отсеки, причем форма корпуса позволила придать ему в корме сильный наклон верхней кромкой наружу, что обеспечивало невыгодные для снарядов углы встречи на средних и больших дистанциях. Дополнением являлись 25-мм переборки. В целом прикрытие оконечностей обеспечивало защиту от осколков снарядов и бомб, взрывающихся у борта и локализовало повреждения от попаданий в носовую или кормовую часть корпуса. Опыт войны показал, что «мягкие» оконечности могут быть превращены буквально в решето даже без прямого попадания, причем поперечные водонепроницаемые перегородки не ограничивают затопления, поскольку сами могут быть легко пробиты осколками. Кроме того, даже тонкие листы на «Вэнгарде» обеспечивали некоторую защиту от легких орудий. При угле встречи 90 гр. 64-мм нецементироаанная броня защищала от 6-дюймоаых пушек с 100–110 каб., а от 120 мм — с 35–64 каб (в зависимости от конкретной модели орудий). На первый взгляд бронирование кажется недействительным, поскольку не предохраняет от попаданий на боевых дистанциях с крейсеров и эсминцев соответственно, однако следует учитывать, что, во-первых, речь идет о бронебойных снарядах с замедлением, составляющих малую часть боекомплекта легких судов, а, во-вторых, реальный угол встречи снаряда с бортом в оконечностях, имеющим сложную форму, крайне редко бывает близок к прямому. Так что приведенные выше дистанции следует сократить как минимум на треть, а при острых курсовых углах резко возрастает вероятность рикошетов. Но, главное, даже 51–63 мм броня надежно прикрывает от фугасных снарядов средних калибров с головным взрывателем — наиболее неприятного для надстроек и других небронированных частей кораблей любого размера вида боеприпасов, если он попадает в достаточном количестве.