Для продолжения испытаний планер передали в распоряжение главного командования люфтваффе, которое организовало специальный отдел «Лепхейм», Он координировал все работы и проводил обучение пилотов-планеристов. Одновременно в Эхтердигене организовали школу для обучения лётчиков самолётов-буксировщиков.
Тем временем началась постройка 11 планеров Me 321 А-1 первой серии. Были также заказаны материалы на следующие 62 экземпляра. Чтобы осилить такое большое изделие. фирма организовала широкую кооперацию. Завод в К о мота у делал фюзеляжи и фермы крыла. Нервюры крыла и другие деревянные части выпускала фирма «Май» из Штуттгарта. Еще несколько заводов выпускали остальные агрегаты, которые для пущей секретности под обозначением «высоковольтное оборудование» свозили на заводы «Мессершмитта» в Лепхейме и Обертраублинге. где и выполняли окончательную сборку. Нужно отметить, что конструкция улучшалась постоянно, поэтому планеры даже одной серии несколько отличались друг от друга. После облёта все «Гиганты» собирали в Лепхейме для передачи люфтваффе. В целом Me 321 А-1 отвечал требованиям военных: он мог перевозить пушку, лёгкий танк или 200 солдат. В его кабине размещались 2 разобранных истребителя Bf 109. До конца лета 1941 г. построили 100 экземпляров Me 321А-1.
В процессе эксплуатации стало очевидно, что незначительного количества Ju-90 не хватает для буксировки «Гигантов». После долгих споров решили попробовать буксировать планер тремя двухмоторными истребителями Bf 11 ОС, оснащенными двигателями DB 601А-1 по 1100 л.с. Средний самолёт цепляли к планеру 10-мм тросом длиной 100 мт а два крайних – по 30 м. Этот способ получил название «Тройка», от известной русской конной упряжки. Однако он не обеспечивал подъём планера с максимальным грузом, к тому же, для взлёта требовалась весьма большая по представлениям тех лет ВПП длиной не менее 1200 м. «Гигант» отрывался от полосы на скорости около 90 км/ч, Обычно его сначала вело вправо, потом он занимал место за центральным буксировщиком. Сразу после взлёта лётчикам «сто десятых» приходилось прилагать значительные усилия, чтобы удержать своих «скакунов» в строю. Набор высоты происходил на скорости около 130 км/ч при постоянных рывках тросов и угрозе сваливания буксировщиков в штопор. Лишь когда воздушный поезд переходил в горизонтальный полёт и разгонялся до 190-200 км/ч, ситуация становилась более-менее спокойной, если, конечно, по пути не встречались зоны атмосферной турбулентности.
Чтобы увеличить энерговооруженность системы во время взлета, немцы решили использовать ракетные стартовые ускорители типа HWK 109-500 «Герат». Конструкционно ускоритель представлял собой обтекаемую капсулу, внутри которой располагался сферический бак с «составом Т» {перекись водорода), бачок с «составом Z» (перманганат натрия), воздушные баллоны, пускорегулирующая аппаратура и двигатель. Спереди к капсуле крепился парашют, на котором ускоритель спускался на землю после сброса с планера, что позволяло использовать его многократно. Двигатель ускорителя работал по так называемому холодному циклу: «состав Т» разлагался под воздействием «состава Z» с выделением тепла, образовывавшийся парогаэ выбрасывался через сопло, создавая тягу 4,9 кН (500 кгс) в течение 30 с.