Производство Me 323 завершили в начале 1944 г. К тому времени построили 201 самолёт всех версий. Сохранились немецкие бухгалтерские документы, из которых следует что наибольшего темпа выпуска удалось достигнуть в феврале 1943 г. – 27 шт., а потом строили в среднем по 8,5 самолёта в месяц. В программе было занято 2000 работников. Средняя трудоемкость на 1 самолёт снизилась с 40000 нормо-часов в 1942 г., до 12000-15000 в 1944 г
Вместо Британии – на Восточный фронт[
1*]
По мере выпуска Me 321 концентрировали на аэродроме Лепхейм, откуда их намеревались перебросить во Францию, но в связи с изменением планов командования решили использовать в кампании против Советского Союза, Первую группу тяжёлых планеров сформировали в апреле – мае 1941 г. В неё вошли 4 штаффеля, в каждом из которых насчитывалось 6 «Гигантов», а также 4 штаффеля буксировщиков Bf 1 ЮС После начала войны с СССР штатное расписание изменили – теперь в одно подразделение входили 5 планеров и 15 буксировщиков. В каждом штаффеле существовал специальный взвод, обслуживавший стартовые ускорители, что требовало от личного состава особой осторожности, т.к. компоненты ракетного топлива были ядовиты и склонны к самовоспламенению.
Для боевой работы штаффели распределили по участкам фронта: GS-1[2*], которым командовал обер-лейтенант Мельцер. направили на северный; GS-22 (обер-лейтенант Шафер) – в центр; GS-4 (обер-лейтенант Поль) – на юг. Кроме того, в резерве оставили GS-2 (обер-лейтенант Бауман). Трудности возникли ещё на этапе выдвижения на передовые аэродромы. Достичь их без промежуточных посадок оказалось невозможно, т.к. продолжительность буксировки не превышала 2 ч, за которые удавалось преодолеть не более 400 км. Подготовка к повторному вылету требовала много сил и времени. Необходимые для этого тягачи, домкраты, различные приспособления, инструмент и т.п. «Гиганты» везли с собой, а колёса шасси и ускорители приходилось доставлять транспортными самолётами. Кроме того, буксировка «Тройкой» была возможна только днём, в хорошую погоду. Из-за частых неполадок случались незапланированные посадки на неподготовленные площадки, откуда эвакуацию планеров проводил гауптман Гумих на самолёте Ju 90, Но как бы там ни было, штаффель GS-1 добрался в Ригу, GS-22 – в Оршу, GS-4 – в Винницу
Только первому штаффелю пришлось участвовать в десантных операциях, для которых, собственно, и создавался Me 321. «Гиганты» использовались в боях за Моонзундский архипелаг в Балтийском море. 14сентября 1941 г. группа планеров доставила десантников на о. Сааремаа во время безуспешной попытки захватить 43-ю береговую батарею на мысе Кюбоссааре. Как вспоминал Мельцер, планеры совершили посадку не в расположении советской батареи, а севернее неё, «Неудачное приземление и запоздалая высадка на берегу», явились причиной неудачи операции. Атака со стороны моря была отбита, воздушный десант попал в окружение, и только 15 сентября людей удалось вывезти на надувных лодках». Когда немцы все же захватили Моонзунд, то летавшие с территории Эстонии Me 321 осуществляли снабжение истребителей из JG 54, размещенных на Сааремаа (аэродром Мен-нусте), В одном из вылетов «Гигант» доставил топливо и бoeприпасы общей массой 17 т, хотя в целом большая грузоподъёмность планеров оставалась невостребованной.