После того как кардинал ушел в отставку и высшее дворянство было допущено к управлению, на передний план выдвинулись религиозные вопросы. То, что принц, как он утверждает в своей «Апологии», еще после разговора с королем в Венсенском лесу выступил против Инквизиции, не совсем правильно. Во всяком случае, открытую борьбу против Инквизиции в Государственном совете он начал с 1563 г. Сам остался в католическом лагере и старался в дальнейшем держать своих друзей подальше от радикальных групп. Оранский поддерживал определенную терпимость, утверждая, что монарх не может определить религии своих подданных. Поэтому он был не согласен с аугсбургским решением.
От сословной дворянской оппозиции принц вскоре перешел к широкой общенациональной (подключение Генеральных штатов), и только тогда на передний план вышла религиозная точка зрения, так как сыграли роль справедливость и человечность. Его оппозиция являлась лояльной, т. е. «конституционной». Там, где царили недовольство и волнение, требовалось с помощью реформ создать порядок и спокойствие. Оппозиция Оранского была также и национальной, он хотел избавить страну и население от нищеты. Там, где монарх оставался непреклонным, нужно было показать ему, как возрастает волнение со всеми вытекающими последствиями.
Невзирая на это, король остался непреклонным. А Генеральные штаты, являясь гласом народа, безмолвствовали. Тогда позиция Оранского видоизменилась. В конце 1565 г. принцу пришла мысль о вооруженном выступлении, но реализовалась она намного позже. Какое-то время он колебался между мирным исходом и вооруженным мятежом, и когда речь зашла о вербовке войск, Оранский попытался посредничать между правительством и кальвинистами. Его религиозная терпимость находилась в противоречии с фанатизмом кальвинистов, которых он сначала осудил как нарушителей спокойствия и приверженцев «некоторых новых и опасных суждений о религии». Лютеране вызвали у принца большую симпатию, по его мнению, это «добропорядочные и мирные люди, отнюдь не склонные к бунту или неповиновению». Он все еще готов был уступить, но при условии, что король готов к этим уступкам, так как «народ ожесточен против испанской Инквизиции и старой религии». Там, где не приходилось ожидать смягчения политики монарха, мысль об угрозе насилием приобрела следующую форму: вероятно, только угроза может заставить начать политику реформ…
Битвы между правительственными войсками и кальвинистским отрядами шли полным ходом. Оранскому стало ясно, что посредничество больше невозможно, оппозиция парализована из-за отсутствия единства. Сильную оппозицию теперь могли поддерживать только кальвинисты. Но внутренне он еще не был к этому готов. В тот момент ему оставалось только отступление. Ничего не указывает на то, что позже Оранский будет вынашивать революционные планы: он мог бы спокойно продолжать жить в Дилленбурге.