Жидовствующие торжествуют. Елена Волошанка (Молдаванка) добивается пышного венчания на царство своего сына Дмитрия при живом Иване III. На Дмитрия возлагают шапку Мономаха, и он становится соправителем Ивана III.
По неизвестным причинам на следующий год Иван III «одумывается» и возвращает расположение своей жене Софье Палеолог. Сын Василий вызволяется из темницы и назначается наследником. Иван III просит прощения у духовных лиц и кается в прежней слабости к еретикам. Елену Молдаванку же сажают в темницу, где она вскоре умирает. По Московскому государству идет волна казней жидовствующих еретиков, и ересь фактически прекращает свое существование.
Ересь жидовствующих была приостановлена, но не уничтожена. Она «вновь» возникает на Руси в XVI веке, в эпоху Реформации и религиозных войн в Европе. Реформационное движение Запада проникает в северо-западные пределы Руси и в Москву. Еретики-лютеране окружают русский трон. Пользуясь доверием царя, они громят своих противников.
В 1555 году снова собирается церковный собор, который осуждает жидовствующих, и их ссылают в заточение. Но опять ересь не была уничтожена в корне.
С 1563 года с началом опричнины лютеране начинают поселяться во многих городах Владимиро-Суздальской Руси и отправляют свой культ. Царь Иван Грозный благоволит к еретикам. Царь приближает к себе еретиков-лютеран А. Кальпа, И. Таубе, Э. Крузе, К. Эберфельда. Доктор права из Петерсхагена К. Эберфельд, например, присутствовал на всех совещаниях Грозного с Боярской думой. Он же сватает невесту для наследника русского престола!
Реконструируя этот период русской истории, А. Т. Фоменко и Г. В. Носовский отмечают, что опричнина — это государственный переворот на вершине государственной власти. В результате у власти на некоторое время фактически оказывается группа лютеран, которых Русская православная церковь назвала «жидовствующими». Происходит крупнейшее избиение ордынских военачальников и ордынской знати.
(Напоминаем, что Орда и Русь в реконструкции А. Т. Фоменко и Г. В. Носовского — синонимы.)
В эпоху опричнины и Смуты конца XVI века Западная Европа постепенно обретает самостоятельность.
Турция-Атамания отделяется от Руси-Орды и делает попытку заново покорить взбунтовавшуюся Западную Европу, но в одиночку она не может это сделать.
На какое-то время, как отмечает А. Т. Фоменко, Смута в Руси-Орде была преодолена. Опричнина была разгромлена, но было уже поздно. Вот что пишет по этому поводу А. Т. Фоменко: «Протестанты заняли прочные позиции при царском дворе Руси-Орды. Вскоре следует новая крупная смута начала XVII века. Протестантская партия вновь приходит к власти. Царская власть переходит к их откровенными ставленникам — Романовым. Сопротивление осколков Руси-Орды продолжается тем не менее до середины XVII века. Последняя попытка Орды вернуться к власти — это „восстание Разина“. Война Разина с Романовыми заканчивается поражением ордынского царя-хана. На стороне Романовых выступает фактически вся Западная Европа. Известно, что отборные войска Романовых были укомплектованы иностранными, западноевропейскими наемниками…».