24 марта первый полет над Афганистаном выполнили самолеты «Рафаль» М с авианосца «Шарль де Голль». 28 марта они впервые нанесли бомбовый удар по боевикам движения «Талибан» по просьбе командования подразделений голландских войск. 1 апреля первый бомбовый удар нанесли истребители «Рафаль» В. Из-за отсутствия воздушной угрозы истребители «Рафаль» В несли только бомбы, ракеты MICA не размещались. Это позволяло получить массу полезной нагрузки (топливо и вооружение) более 10000 кг. Для психологического воздействия на боевиков «Талибана» применялась пушка 30 М 791.
В Афганистане истребители «Рафаль» входили в состав авиационной группы стран НАТО, которая насчитывала 60 ударных самолетов из США, Великобритании и Германии. Все они базировались в Багра- ме, Кабуле, Кандагаре и Мазари- Шарифе. В операциях также участвовали палубные самолеты ВМС США и Франции, находящиеся на авианосцах у побережья Пакистана.
29 июня 2007 г. истребители «Рафаль» В вернулись на авиабазу в Сен-Дизье. В течение четырех месяцев пребывания в Таджикистане они совершили 141 боевой вылет, налетав около 700 ч.
В начале февраля 2008 г. три одноместных истребителя «Рафаль» С из состава эскадрильи ЕС 1 /7 прилетели на авиабазу в Кандагаре. Впервые самолеты стали базироваться непосредственно на территории Афганистана.
Истребители «Рафаль» в последнее время активно принимают участие в различных учениях. Например, в 2008 г. четыре двухместных самолета «Рафаль» В находились в США на авиабазе Неллис (шт. Невада) и принимали участие в учениях «Ред Флэг» RF-08-04.
"Рафаль" на афганском аэродроме
Во второй половине июля 2008 г. в районе Восточного побережья США состоялись крупные морские учения JTFEX-08 (Joint Task Force Exercise 2008), в которых приняли участие свыше 15000 военнослужащих из США, Франции и Великобритании, а также большое число боевых кораблей и самолетов. Учениями было охвачено пространство от Флориды до штата Виргиния. Активное участие в маневрах JTFEX-08 принял американский атомный авианосец CVN-71 «Теодор Рузвельт», на борту которого базировались палубные истребители ««Рафаль»» М из состава эскадрильи 12F французских ВМС.
Первые три истребителя ««Рафаль» М вылетели в США 26 июня 2008 г. После встречи с самолетом- заправщиком над югом Франции они взяли курс на Азорские острова. Весь перелет занял 4 ч. На следующий день другая тройка самолетов повторила маршрут. 28 июня вся шестерка вылетела на авиабазу ВМС США Океана (шт. Виргиния), куда прибыла спустя 6,5 ч. Во время перелета через Атлантику самолеты дважды пополняли запас топлива от самолетов-заправщиков. До перелета на «Теодор Рузвельт» французские летчики 15 дней провели на морской авиабазе Океана, где отрабатывали методы посадки на палубу.