Во главе Ордена стоял гроссмейстер, которому принадлежало, главным образом, предводительство на войне, а также исполнительная власть. Он свободно избирался рыцарями, но писался – «Божиею милостью». Гроссмейстер подчинялся только конвенту или «великому совету» Ордена и папе. Верховная власть в Ордене должна была собственно принадлежать «генеральному капитулу», т. е. общему собранию, состоящему из членов конвента, начальников орденских провинций и наиболее влиятельных братьев. Но генеральный капитул созывался очень редко, исключительно по желанию гроссмейстера и конвента, так что этот последний, подчинявшийся единственно только папе, являлся фактически законодательною, административною и исполнительною властью, которой были подчинены не только все рыцари и служащие братья, но и духовенство Ордена.
По мере того, как росло внешнее могущество Ордена, как, устанавливалось его царственное по своей независимости положение, изменялось и внутреннее его содержание. Мало-помалу прежняя беспредельная преданность Ордена Церкви сменялась религиозным. безразличием. и свободомыслием, близким к еретичеству. Согласно этим новым веяниям, изменился и первоначальный устав Ордена, составленный св. Бернардом. Так., послушничество, бывшее прежде обязательным для поступления в Орден, было отменено. Параграф 64-й устава, запрещавший принимать в число Тамплиеров рыцарей, отлученных от Церкви, был изменен в обратном смысле: признано было желательным вербовать новых членов, именно среди этих отверженных Церковью, «дабы содействовать спасению их душ». Эти изменения в уставе привлекли в Орден массу недостойных и прямо враждебных Церкви членов. По свидетельству Финделя и Шустера[87], приблизительно к началу XIII века новое направление в Ордене вполне установилось и было облечено в определенную систему и форму.
Представляясь беспредельно преданными папскому престолу и интересам Церкви, Тамплиеры наряду с внешним исповеданием христианского учения и церковных обрядов установили свое тайное еретическое учение. Церковные службы торжественно и всенародно отправлялись в капеллах Ордена, а в подземельях орденских убежищ, ночью или на рассвете происходили тайные собрания, где совершались кощунственные обряды посвящения, поругание христианских святынь и поклонение «таинственно силе», ничего общего не имевшей с Единым Всевышним Богом, которого исповедывали христиане.
Рядом с явным уставом, хотя и измененным, как указано выше, но все же по форме не противоречившим учению Церкви, Тамплиеры создали новый устав, открывавшийся лишь избранным и заключавший тайное еретическое учение Ордена, глубоко безнравственное и враждебное христианской религии и Церкви. Устав этот содержался в такой глубокой тайне, что членам Ордена, под страхом смерти, запрещалось носить его при себе и даже вообще иметь с него копии.