Произведенное дознание показало, что нити заговора тянутся к опальным вельможам – Адашеву и Сильвестру. И снова Иоанн, вопреки очевидности, пощадил жизнь заговорщиков. Сильвестр был сослан на Соловки, а Алексей Адашев взят под стражу в Дерпте, где и умер вскоре естественною смертью от горячки, лишив будущих историков возможности лишний раз позлословить о "терроре" и "жестокости царя".
Позднее Иоанн так описывал эти события: "Ради спасения души моей приближил я к себе иерея Сильвестра, надеясь, что он по своему сану и разуму будет мне поспешником во благе; но сей лукавый лицемер, обольстив меня сладкоречием, думал единственно о мирской власти и сдружился с Адашевым, чтобы управлять царством без царя, им презираемого. Они снова вселили дух своевольства в бояр, раздали единомышленникам города и волости; сажали, кого хотели, в думу; заняли все места своими угодниками… (Царю) запрещают ездить по святым обителям; не дозволяют карать немцев… К сим беззакониям присоединяется измена: когда я страдал в тяжкой болезни, они, забыв верность и клятву, в упоении самовластия хотели, помимо сына моего, взять себе иного царя, и не тронутые, не исправленные нашим великодушием, в жестокости сердец своих чем платили нам за оное? Новыми оскорблениями: ненавидели, злословили царицу Анастасию и во всем доброхотствовали князю Владимиру Андреевичу. И так удивительно ли, что я решился наконец не быть младенцем в летах мужества и свергнуть иго, возложенное на царство лукавым попом и неблагодарным слугою Алексием?".
Верный привычке решать дело по возможности миром, царь ограничился ссылкой Сильвестра и Адашева, не тронув более никого из их приверженцев. Надеясь разбудить совесть, он лишь потребовал от "всех бояр и знатных людей" клятвы быть верными государю и впредь не измышлять измен. Все присягнули. И что же? Князь Дмитрий Вишневицкий, воевода юга России, бросил ратников и перебежал к Сигизмунду, врагу Иоанна. Не ужившись с литовцами, переметнулся в Молдавию, вмешался там по привычке в интриги вокруг молдавского господаря Стефана, был схвачен и отправлен в Стамбул, где султан казнил его как смутьяна и бунтовщика. Так отплатил князь за доверие своему царю. Да если бы он один!
В 1564 году доверенный друг Иоанна, князь Андрей Курбский, наместник царя в Дерпте, тайно, ночью, оставив жену и девятилетнего сына, ушел к литовцам. Мало того, что он изменил царю, – Курбский предал родину, став во главе литовских отрядов в войне с собственным народом. Подлость всегда ищет оправдания, стараясь изобразить себя стороной пострадавшей, и князь Курбский не постеснялся написать царю письмо, оправдывая свою измену "смятением горести сердечной" и обвиняя Иоанна в "мучительстве".