После начала военной агрессии против СССР проблема Русской Православной Церкви попала в сферу интересов важнейших нацистских ведомств – Партийной канцелярии, РСХА, Министерства занятых восточных территорий и МИД Деятельность Министерства церковных дел отошла на второй план, на оккупированные территории СССР его вообще не допустили Следует отметить, что РКМ при этом осталось верно прежнему курсу, в основном благожелательному к русскому православию, проявляя в этом направлении большое упорство.
При всей первоначальной внешней разнице национал-социалистической и советской (1920-1930-х гг) религиозной политики между ними было много общего Это сходство подтверждается на примере области Вартегау, которая в 1939 г стала своеобразным «испытательным полигоном» для нацистских церковных экспериментов Как и в СССР, там были закрыты монастыри, вся религиозная деятельность низводилась до уровня немногочиотенных приходских общин и т. д.
Реальная религиозная политика германской оккупационной администрации также имела много общего с довоенной советской. В своем приказе от 16 августа 1941 г. шеф РСХА Гейдрих приказывал подразделениям полиции безопасности и СД постоянно сообщать о развитии ситуации в церковно-государственных отношениях на оккупированной части СССР, а также проявлял большой интерес к сохранению Московского антирелигиозного музея Изучение опыта движения воинствующих безбожников в советской России казалось правительству III Рейха очень полезным.
В III Рейхе, так же как и в СССР, религиозным организациям, в частности РПЦЗ, уделяло внимание высшее руководство страны, в том числе Сталин и Гитлер лично В некоторых деталях совпадала нацистская и советская религиозная политика на контролируемых территориях за пределами собственных стран Например, в генерал-губернаторстве в 1939–1944 гг. германские ведомства стремились противопоставить лояльную, как им казалось, РПЦЗ оппозиционной и преследуемой Католической Церкви И во второй половине 1940-х гг новые власти Польши отчасти действовали подобным образом Как и Сталин, Гитлер в годы войны, опасаясь раскола в обществе и дестабилизации режима, старался избегать явных антицерковных акций.
Однако в СССР вождь был способен, если того требовали обстоятельства, на кардинальное изменение позиции в религиозном вопросе, что оказалось совершенно неожиданно для властей III Рейха В СССР невозможно было и представить такого различия позиций и открытой борьбы различных ведомств по вопросам церковной политики, какие существовали в III Рейхе.