В составе ОВР Главной базы имелись сторожевые корабли «Аметист» и «Уран». К ним иногда относили посыльное судно «Пиккер» и «Лайне»[87]. Кроме этого имелось три дивизиона малых охотников (МО). На Таллин базировался 1-й дивизион сторожевых катеров (днска) в составе МО № 112, ИЗ, 132, 133, 141, 142, 143, 131. В ОВР ВМБ Ханко входил 3-й дивизион, где имелись катера МО № 311,312,313. В Кронштадтской ВМБ имелся 5-й дивизион в который входили МО № 121, 122, 123, 511, 512, 513 и стальной МО № 211[88].
С началом военных действий началась мобилизация судов гражданских наркоматов, что позволило к 15 августа сформировать сразу семь дивизионов тральщиков и дивизион катерных тральщиков (днкатщ).
Новоиспеченные тральщики «Сиговец», «Менжинский», «Дзержинский» и «ижорцы» № 26, 38, 39, 65 образовали новый 4-й дивизион. В 6-й дивизион вошли «Петрозаводск», «Видлица», «Москва», «Олонка» и «Ижорцы» № 29, 33, 34. Сформировали 7-й дивизион в составе «Балмашов», «Боевой», «Антикайнен» и «ижорцев» № 69 и 31. В 8-й дивизион вошли «Осетр», «Ляпидевский», «Молотов», «Тюлень», «Фурманов», «Шуя» и «Озерный». Тральщики «Киров», «Орджоникидзе», «ижорцы» № 25, 93 (ЛВП-12), 94 (ЛВАП-13) и 95 (ЛВП-17) образовали 9-й дивизион. Наконец сформировали 12-й дивизион из одних «ижорцев»: № 71, 64, 75, 66, 32, 30. Кроме этого, имелся дивизион так называемых магнитных тральщиков куда вошли вчерашние мотоботы «Скат», «Поводец», «Пикша», «Свирь», «Сиг», «Воронин», «Касатка», ГС-1 и ГС-2. По некоторым данным, туда же включили «Смелый» и «Ястреб». Все эти «магнитные» тральщики представляли из себя деревянные мотоботы и в перспективе их хотели использовать для борьбы с магнитными минами. Но поскольку первые соответствующие тралы только начали поступать, то эти «кораблики» сначала выполняли всякие вспомогательные задачи. Из бывших посыльных судов и буксиров «Разведчик», «Ост», «Касатка», «Степан Разин», «Щорс», «Чапаев», ЛК-1 и ЛК-2 сформировали отдельный дивизион сторожевых кораблей. Новые катерные тральщики типа КМ в количестве 13 единиц свели в 14-й дивизион катерных тральщиков, они получили номера 1401–1413.
Состав морских охотников пополнился прежде всего за счет пограничных катеров. В состав КБФ вошли 1-й и 2-й Балтийские морские пограничные отряды НКВД. Первый из них базировался на Выборгский залив и имел два дивизиона. Один состоял из семи катеров МО: ПК № 171–177, а другой из семи катеров типа ЗК. Оттуда дополнительно передали 14 катеров типа КМ. Второй отряд также имел два дивизиона, но только катеров типа МО. На Таллин базировались ПК № 200–211; на Лиепаю — ПК № 212–219, 221 и 222; на Ручьи и Усть-Нарву ПК № 224–231; на Ханко — ПК № 236–239. Кроме этого пограничники передали ВМФ сторожевой корабль «Коралл». В июле 17 катеров типа МО IV и один МО V КБФ получил от промышленности. Из девятнадцати катеров типа КМ сформировали 6-й дивизион сторожевых катеров с присвоением им номеров с 601 по 619.