Команда Ровеля возобновила работу над территорией СССР в первые месяцы 1941 г. К тому моменту в ее составе было четыре эскадрильи. Первая летала с аэродрома Краков в Польше, вторая — из района Бухареста в Румынии и третья — с аэродрома Хамина в Финляндии. Вопреки распространенному мнению, группа Ровеля не была поголовно вооружена высотными Ю-86Р. Первые три эскадрильи были вооружены преимущественно Дорнье-215, а также некоторым количеством Ю-88, Хе-111 и даже Ме-110. Высотные Ю-86Р попали в распоряжение команды Ровеля в 1940 г. и к 1941 г. были собраны в 4-й эскадрилье группы (пять Ю-86Р на апрель 1941 г.), известной также как «испытательный центр высотных полетов». Они летали с аэродромов в Бухаресте и Кракове. Всего командой Ровеля было выполнено свыше 500 полетов над территорией СССР. Вспоминает летчик-истребитель Клименко В.И.: «Рядом, в 100–125 км от Шауляя, проходила граница с Германией. Близость ее мы ощущали на своей шкуре. Во-первых, непрерывно шли военные учения Прибалтийского военного округа, во-вторых, на аэродроме дежурила в полной боевой готовности авиаэскадрилья или в крайнем случае звено истребителей. Встречались мы и с немецкими разведчиками, но приказа сбивать их у нас не было, и мы только сопровождали их до границы. Непонятно, зачем тогда поднимали нас в воздух, чтобы поздороваться, что ли?!»
Характерный профиль полета немецких разведчиков дает один из первых полетов группы Ровеля 6 января 1941 г. Самолет-разведчик пересек границу, углубился на 24 км и далее пролетел 161 км над советской территорией и вернулся обратно. В глубь территории Советского Союза летали, конечно, только высотные самолеты. При отсутствии у СССР в 1941 г. сплошного поля обзора воздушного пространства радиолокаторами полеты на высотах свыше 10 тыс. метров были относительно безопасными. Но далеко не все полеты разведчиков проходили гладко. 15 апреля Ю-86Р, вылетевший из Кракова для фотографирования в район Житомира, был вынужден снизиться из-за неисправности двигателя. В районе Ровно самолет был сбит советским истребителем. Однако в общем случае сбить летящий на большой высоте Ю-86Р было непростой задачей. По крайней мере другие известные на данный момент случаи перехвата высотных разведчиков были неудачными.
С середины апреля до середины июня 1941 г. полеты команды Ровеля осуществлялись с завидной систематичностью — по три вылета в день. Главной их задачей было обновление информации, собранной в аналогичных полетах весной 1940 г. 21 июня 1941 г. 4-я эскадрилья команды Ровеля вернулась на место своего постоянного базирования, на аэродром Берлин-Рангсдорф, для продолжения разведки на Западе. Три остальные эскадрильи продолжили свою деятельность после начала войны. Результаты кропотливой работы «команды Ровеля» позволили