Однако у «северного» сохранялся тот же недостаток, который заставил Мерецкова искать альтернативы плану Шапошникова. Штурм Восточной Пруссии отнюдь не гарантировал быструю и, главное, эффектную победу. Поэтому уже в самом тексте плана содержалась следующая сентенция: «Возникают опасения, что борьба на этом фронте может привести к затяжным боям, свяжет наши главные силы и не даст нужного и быстрого эффекта, что, в свою очередь, сделает неизбежным и ускорит вступление Балканских стран в войну против нас».
Фактически советское военное руководство оказывалось между Сциллой и Харибдой. В одном случае была опасность увязнуть в боях за укрепления, в другом — опоздать с развертыванием и начать первую операцию войны в худших условиях. Если противник упреждал Красную армию в развертывании и сосредоточении, то под вопрос могла быть поставлена сама возможность реализации плана первой операции. В итоге во вводной части «Соображений…» сентября 1940 г. было предложено соломоново решение. Предполагалось, что окончательный выбор между «северным» и «южным» вариантами будет зависеть от «политической обстановки, которая сложится к началу войны».
Однако новые кадровые перестановки в высших эшелонах власти вскоре непосредственно повлияли на военное планирование. Во-первых, по итогам Финской войны новым наркомом обороны стал С.К. Тимошенко, ранее командовавший Киевским округом. Во-вторых, бывший начальник штаба Киевского округа Н.Ф. Ватутин стал начальником Оперативного управления Генерального штаба Красной армии. Наконец, в феврале 1941 г. пост начальника Генерального штаба КА занял Г.К. Жуков, до этого полгода командовавший тем же Киевским округом. Конечно, Жуков долгое время служил в Белорусском округе, но это было еще до смещения линии границы на запад. В итоге в конце 1940 г. и начале 1941 г. был окончательно сделан вывод в пользу «южного» варианта развертывания. Этому способствовали как его объективные достоинства, так и субъективные факторы — быстрое продвижение командиров из КОВО на вершину иерархии РККА.
В апреле 1941 г. в адрес командующего Западным особым военным округом Д.Г. Павлова была отправлена директива за подписями наркома обороны С.К. Тимошенко и начальника Генерального штаба Г.К. Жукова. В ней окончательно закреплялась подчиненная роль Западного фронта в первой операции войны. Об этом говорила даже вводная фраза, поясняющая задачу войск Павлова: «С переходом армий Юго-Западного фронта в наступление». Ранее формулировка была другая — «по сосредоточении войск», т. е. фронт лишался самостоятельности в выборе момента перехода в наступление. Сама задача была выдержана в том же духе: «Ударом левого крыла фронта в общем направлении на Седлец, Радом способствовать Юго-Западному фронту разбить Люблин-Радомскую группировку противника. Ближайшая задача фронта — овладеть районом Седлец, Луков и захватить переправы через р. Висла; в дальнейшем иметь в виду действия на Радом с целью полного окружения Люблинской группировки противника, во взаимодействии с Юго-Западным фронтом»