Вообще, к середине 1984 года Алексея Витальевича стало очень тяготить это его нелегальное, конспиративное положение, необходимость постоянно быть начеку, скрываться, менять квартиры. Шебуршин всё это видел и понимал, исподволь готовя почву для легализации "Десятого". Поскольку одно из изобретений, признанное ещё в 1981 году, было засекречено в НИИ государственной патентной экспертизы, то защита диссертации прошла в закрытом учёном совете. Это, как и утверждение степени Высшей Аттестационной Комиссией, послужило достаточным поводом к легализации Фёдорова. По инициативе нового начальника Пятого управления (следовательно, в действительности, с подачи Шебуршина) создали "Специальную исследовательскую лабораторию" при Пятом управлении, формально подчинявшуюся НИИ медико-биологических проблем Минздрава СССР, который, в свою очередь, фактически был учреждением, имеющим прямое отношение к обороне.
Новая лаборатория находилась в прямом подчинении начальника "Пятки", а о содержании деятельности Фёдорова никто ничего не знал и не имел права знать. Поэтому для работы Алексею Витальевичу оформили допуск "0" – самой высокой степени. Это облегчало возможность сношений с высшим начальством "Конторы" и фактическое ничегонеделание в научном смысле. Одновременно Фёдоров получил отдельную квартиру с двумя телефонами, железной дверью и охранной сигнализацией. А присвоение звания полковника вместе с должностью завлаба прекрасно обеспечивало в материальном отношении. Впрочем, последнее обстоятельство его совершенно не интересовало, произошло против его воли, исключительно по инициативе председателя КГБ.
Сам Фёдоров без тени неудовольствия работал бы и совершенно бесплатно – лишь бы где-то что-то во время поесть. Однако легализация требовала от Фёдорова определённых внешних проявлений, соответствующих его официальному положению. Сюда относились и его внешний вид, и видимость служебной дисциплины, и усвоение необходимого стиля поведения и речи. Именно эти побочные эффекты легализации доставляли Фёдорову наибольшие трудности, причиняли серьёзные неудобства. Один раз он не выдержал и счёл возможным пожаловаться Шебуршину, сказав в заключение:
- Прошу понять, Леонид Иванович, что не о собственном удобстве беспокоюсь! Боюсь, что, поскольку я не профессионал-разведчик и не артист, то сорвусь, ляпну что-нибудь не то, не там и не так, а в результате завалю всё дело!
Генерал помолчал, видимо что-то вспоминая, и, непроизвольно поморщившись при этом, ответил:
- Да вижу я! Больше того, понимаю и сочувствую: поверишь ли – сам через такое прошёл! Давненько, правда… Ну, потерпи ещё около месяца: ведь вызовет подозрения, если я прямо сейчас переведу твою, так сказать, лабораторию в своё прямое подчинение. А через тридцать – тридцать пять дней, обещаю, совершенно официально и, надеюсь, без излишнего внимания посторонних переведу на особое положение.