Много неприятностей спасателям причинял ил, толстым слоем лежавший на дне в районе гибели лодки. Поднимаясь со дна, он легко образовывал «туман», настолько плотный, что водолаз, прижав к иллюминатору шлема тысячеваттную лампу и направив ее свет себе в глаза, не различал при этом горит лампа или нет.
Еще больше затрудняла спасательные работы низкая температура воды. Подававшийся по шлангам воздух охлаждался настолько, что водолазам становилось трудно дышать. Предварительный нагрев воздуха вызывал последующую конденсацию влаги на стенках шланга. Затем она замерзала и закупоривала шланг.
Для решения проблемы воспользовались тем обстоятельством, что воздух, как и все газы, при сжатии выделяет тепло. Температура воздуха в баллонах после компрессора может достигать 38 °С. Спасатели решили пропустить нагретый воздух из ресивера компрессора через несколько камер с установленными внутри змеевиками, по которым циркулировала холодная забортная вода. Содержащаяся в воздухе влага конденсировалась на стенках змеевиков, и обезвоженный таким образом воздух поступал в нагревательную камеру, а оттуда – в воздушные шланги. В результате водолаз получал воздух нужной температуры, а угроза закупорки шлангов льдом полностью исключалась.
Спасателям пришлось изрядно потрудиться над герметизацией верхнего люка боевой рубки. Как они ни старались, каждый раз, когда в центральный пост начинали закачивать сжатый воздух, крышка люка тут же открывалась. В конце концов водолазы уложили поперек крышки два стальных бруса, а вокруг них установили металлический цилиндр. В цилиндр уложили 2268 кг свинца и залили его 180 кг бетона. Но даже такого груза оказалось мало. Пришлось добавить еще полтонны свинца, и только тогда крышка люка перестала наконец открываться.
За январь и февраль удалось загерметизировать все отсеки, прорыть туннели, пропустить через них тросы и даже затопить в нужном положении понтоны. 17 марта компрессоры начали подавать в понтоны сжатый воздух и уже через несколько часов лодка без каких-либо происшествий была поднята на поверхность. Однако когда на лодке закрепили дополнительные тросы с буксира и спасательных судов и приготовились буксировать ее в Бостон, поднялся сильный ветер. Под действием ветра и волн понтоны стало бросать из стороны в сторону подобно детским воздушным шарам на сильном ветру. Чтобы ослабить удары волн, Кинг приказал двум судам занять место с наветренной от лодки стороны. Это позволило благополучно доставить S-4 в порт.
Из трех затраченных на проведение операции месяцев один был полностью потерян из-за штормовой погоды, исключавшей возможность работы водолазов. Всего было произведено 564 погружения.