На Балтийском море в состав действующего флота входили: бригада линейных кораблей, бригада крейсеров, две минные дивизии эскадренных миноносцев, бригада подводных лодок и отряд заградителей. После вступления в строй балтийских линкоров типа «Севастополь» из них сформировали 1-ю бригаду линейных кораблей, а устаревшие броненосцы перевели во 2-ю бригаду.
На Черном море действующий флот составляли: бригада линейных кораблей, минная дивизия эскадренных миноносцев, дивизион подводных лодок и дивизион заградителей.
Сибирская флотилия включала в свой состав два крейсера, минную бригаду эскадренных миноносцев, дивизион подводных лодок и отряд заградителей.
Каспийская флотилия состояла из отдельных кораблей — канонерских лодок.
В состав Амурской флотилии входил отряд бронированных канонерских лодок и отряд канонерских лодок.
Непосредственно на кораблях команды подразделялись на судовые роты, составлявшие от 50 до 250 человек, в зависимости от общей численности судового экипажа. Ими командовали младшие офицеры, назначавшиеся в роты с таким расчетом, чтобы на одного офицера приходилось не более 75 человек. При этом отдельные роты составляли: прислуга орудий и подачи боеприпасов, чины, находящиеся при передаче приказаний в боевой рубке, на центральном посту и плутонгах (плутонг — аналог термина «батарея», совокупность орудий одинакового калибра на корабле), машинная команда. Роты разделялись на отделения, а отделения — на части. Судовые команды как на кораблях, так и на берегу составляли отдельные воинские части в строевом, хозяйственном и административном отношениях.
Помимо судовых команд в составе Морского ведомства существовали береговые команды. Они занимались обслуживанием военных портов и портовых плавучих средств. В состав береговых команд входили: 1-й и 2-й Балтийские, Черноморский и Сибирский флотские экипажи; Кронштадтский, Либавский, Севастопольский и Николаевский флотские полуэкипажи; Ревельская, Свеаборгская и Каспийская отдельные флотские роты.
Экипажи занимались приемом и обучением новобранцев для всех морских команд, формированием команд на строящиеся корабли и пополнением убыли в командах кораблей, уже находящихся в строю, в случае мобилизации на них ложились обязанности приема, обеспечения обмундированием и снабжением, а также распределение нижних чинов, призванных из запаса. Полуэкипажи и отдельные роты несли караульную службу в портах, из числа их чинов набирались команды портовых плавучих средств, обслуживаемых военными командами, в составе полуэкипажей числились все команды, предназначенные для обслуживания портов. Петербургский порт обслуживал 2-й Балтийский флотский экипаж, а Владивостокский — Сибирский флотский экипаж. Николаевский полуэкипаж и Каспийская отдельная рота во время мобилизации исполняли те же обязанности, что и флотские экипажи.