»[15].
В 1919 г. флотилия вела активные боевые действия в прибрежной зоне, используя многочисленные острова и бухты для нанесения внезапных ударов по кораблям и для нарушения коммуникаций Онежской военной флотилии красных, а также занимаясь установкой и охраной минных заграждений. Первый поход кораблей под Андреевским флагом состоялся 3 августа 1919 г., а уже на следующий день белых моряков ждал первый боевой успех. Утром 3 августа дозорная группа красной флотилии в составе двух канонерских лодок, сторожевого судна и сторожевого катера вступила в бой с тремя катерами-истребителями Онежской флотилии в районе острова Мег. Вскоре неприятельская канонерская лодка № 2, получившая подводную пробоину, выбросилась на камни, через некоторое время ее примеру последовало сторожевое судно № 3, выбросившееся у деревни Обежи. В том же бою белые захватили катер № 6 этой же группы, замаскированный у острова Сал. В результате успешного боя белая флотилия пополнилась двумя новыми единицами — вооруженным пароходом, получившим название «Сильный», и катером «Боевой».
17 августа десант с кораблей занял Кузаранду, затем — Пудож-гору. Однако в октябре противник начал наступление, и вскоре белым пришлось оставить многие недавно занятые пункты, а сама флотилия оказалась блокирована в своей базе. Но захватить Медвежью Гору красноармейцам так и не удалось. Командир флотилии строил обширные планы по ее использованию в кампанию следующего года, предлагая даже доставку на Онежское озеро подводной лодки, однако этим проектам сбыться было не суждено.
После захвата противником основных баз — Архангельска и Мурманска — существование флотилии прекратилось. Судьба многих моряков сложилась трагически. Вот что пишет об оставшихся в Медвежьей Горе Кадесников: «Вместе с группами летчика лейтенанта А.Д. Мельницкого и командира десантной роты лейтенанта Вуича были захвачены и расстреляны: лейтенант Е. Садовинский, лейтенант Добромыслов, мичман Г. Католинский, старший гардемарин А. Хмылино-Вдовиковский, П. Светухин и др. Старший кадет Былим-Колосовский сумел бежать из Петрозаводска, но был во второй раз схвачен в нескольких километрах от финской границы и убит на обратном пути при конвоировании. Некоторые из захваченных сумели сбежать и пробраться к белым на юг России, но некоторым, в том числе гардемарину Ф. Каналоши-Лефлеру, избежавшим смерти весной 1920 года на севере России, не удалось от нее уйти осенью того же года при переходе через фронт в белый Крым. Нам также известно, как лейтенанту Е. Максимову с неимоверными трудностями удалось уйти на лыжах из Медвежьей Горы в Финляндию, но и этот выдающийся офицер позднее погиб при повторном нелегальном переходе границы с разведывательной целью