Нижне-Днепровская флотилия (именовалась также Отрядом судов особого назначения) — дивизион речных канонерских лодок (6 единиц), 3 буксира, 2 катера — в октябре — ноябре 1919 г. вела боевые действия против повстанческих формирований (в частности, руководимых Н.И. Махно) в районах Каховки, Берислава, Никополя и Херсона. Периодически усиливалась легкими кораблями Черноморского флота. С выходом войск Красной армии к устью Днепра зимой 1920 г. корабли флотилии перебазировались в порты Крымского полуострова.
В литературе также встречается упоминание о Верхне-Днепровской флотилии, но архивные документы не подтверждают ее существования.
С созданием ВСЮР была учреждена должность начальника морских и речных сил Дона (контр-адмирал С.С. Фабрицкий). Донская флотилия, сформированная в 1918 г., летом 1919 г. состояла из Речного отряда Сил Дона, Морского отряда Сил Дона и Транспортной флотилии. Основной задачей речного отряда стала поддержка действий сухопутных частей артиллерийским огнем и высадка десантов. К концу июня 1919 г. корабли отряда вышли в верховья Дона. Донская флотилия (ее речная часть) взаимодействовала с отрядом обороны Азовского моря. Боевых столкновений с красной Донской военной флотилией белые моряки не имели. В августе 1919 г. расформированный 1-й дивизион кораблей перешел на Днепр, личный состав и вооружение двух других дивизионов были направлены на формирование Волжского отряда под Царицын (совр. Волгоград). Окончательно Донскую флотилию расформировали 29 декабря 1919 г.
На Нижней Волге в июне 1919 г. был сформирован Волжский отряд судов, впоследствии называвшийся Волжской военной флотилией. Флотилия формировалась в освобожденном от красных Царицыне. На Волгу из Ростова по железной дороге прибыли сторожевые катера из состава Черноморского флота, моторные катера Донских флотилий и четыре броневых катера флотилии Кубанского казачьего войска. Был также сформирован ряд береговых частей. Части флотилии действовали до конца 1919 г. в прибрежной полосе у Царицына, Черного Яра и Солодников, занимались минными постановками и провели ряд артиллерийских боев. В конце 1919 г. при отступлении белых эвакуировать в Керчь удалось только шесть катеров (в том числе все четыре броневых) 7-го дивизиона, а артиллерию и остальные 28 катеров пришлось оставить в Сарепте, Царицине, Мариуполе и в эшелонах на станции Караванная. Во время отступления отстала и пропала без вести бóльшая часть личного состава флотилии. В начале 1920 г. остатки личного состава флотилии собрались в Симферополе.