В дальнейшем Каспийская флотилия провела ряд боев с кораблями Волжско-Каспийской флотилии красных в районе дельты Волги и 12-футового рейда, установила морскую блокаду Астрахани, поставив заграждение из 200 мин, оказывала поддержку войскам на приморском фланге. К началу 1920 г. флотилия насчитывала 9 вспомогательных крейсеров, 7 канонерских лодок, 2 плавбатареи, 10 торпедных и 11 сторожевых катеров, 10 плавбаз и военных транспортов, 2 авиатранспорта с 10 гидросамолетами. Артиллерийское вооружение кораблей состояло из более чем 80 орудий, в том числе 56 — калибром от 76 до 152 мм.
В начале 1920 г. Красная армия провела успешное наступление на Северном Кавказе. 5 января был занят Гурьев, 6 февраля — Красноводск. Потеря основных пунктов базирования, а также трех подорвавшихся на минах кораблей, вынудили флотилию в апреле 1920 г. перейти в Баку. Отсюда корабли ушли в находившийся под контролем англичан иранский порт Энзели. Вспомогательный крейсер «Австралия» и посыльное судно «Часовой» перешли на сторону большевиков. В Энзели флотилия фактически оказалась интернированной англичанами, а значительная часть личного состава покинула корабли. В результате проведенной 18 мая 1920 г. Красным флотом Энзелийской операции Каспийская флотилия белых прекратила свое существование, а ее корабли пополнили военно-морские силы РСФСР и Азербайджанской ССР. Личный состав (80 офицеров и свыше 200 матросов) эвакуировался через Месопотамию и 23 сентября 1921 г. прибыл на пароходе в занятый белыми Владивосток, где продолжил службу в составе Сибирской флотилии.
Флотилии на Востоке России
В 1918–1919 гг. на территории, простирающейся от Поволжья до Тихого океана, существовал целый ряд речных, морских и озерных флотилий. Наиболее крупными из них являлись: Речной боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (Комуча), действовавший на Волге летом — осенью 1918 г.; Речная боевая флотилия (Камская), воевавшая в мае — июне 1919 г.; Обь-Иртышская речная боевая флотилия (август — октябрь 1919 г.); Енисейская флотилия (апрель — декабрь 1919 г.). В Тихоокеанском регионе существовали Морские силы на Дальнем Востоке в составе Сибирской и Амурской флотилий, созданных еще в период Российского императорского флота. Помимо флотилий на указанной территории действовал еще ряд сухопутных и учебных флотских подразделений.
Речной Боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (до 1 августа 1918 г. — Речная оборона) был создан в инициативном порядке морскими офицерами, оказавшимися в Самаре после занятия города чешскими частями. Флот подчинялся Главному штабу Народной армии (впоследствии Военному ведомству). Командующий — мичман В.А. Ершов (с августа 1918 г. — командующий 1-ми 3-м дивизионами, а фактически — всего флота, контр-адмирал Г.К. Старк). К октябрю в составе флота насчитывалось более 40 вооруженных пароходов, вспомогательных судов и катеров.