С 14 по 31 августа 1918 г. на озере Байкал действовала Байкальская флотилия во главе с лейтенантом М.М. Комеловым, и состоявшая из четырех вооруженных пароходов и четырех барж. Также в составе флотилии находились восемь офицеров и гардемарин Российского флота. Флотилия вела успешные боевые действия против Байкальской флотилии красных, а также обеспечивала высадку десанта русских и чешских войск в районе Посольского монастыря.
С развитием успехов белых армий на Восточном фронте и увеличением числа моряков, входивших в их состав, возникла необходимость создания централизованных органов управления морскими частями. Объединенное Военно-морское министерство было организовано еще 1 июля 1918 г. Временным Сибирским правительством В сентябре 1918 г., после объединения всех вооруженных сил, действовавших на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока, военное министерство Временного Сибирского правительства и военное ведомство Народной армии Комитета членов Учредительного собрания перешли в подчинение военно-морского министерства Временного Сибирского правительства. После прихода к власти адмирала Колчака (18 ноября 1918 г.) постановлением Совета министров от 28 декабря 1918 г. Военно-морское министерство разделили на два самостоятельных органа: Военное и Морское министерства. Управляющим последним назначили контр-адмирала М.И. Смирнова. В течение всего существования Морское министерство колчаковского правительства не только осуществляло руководство морскими частями, расположенными на подконтрольной ему территории, но и пыталось наладить взаимодействие между всеми белыми флотами и флотилиями. В условиях Гражданской войны, полыхавшей на огромных просторах России, данные действия министерства оказались малоэффективными. Поэтому все взаимодействие, за редким исключением, ограничивалось перепиской между штабами и управлениями. Формально, вплоть до начала 1920 г., находившийся в Омске морской министр возглавлял весь Российский флот. Ему же подчинялись и все военно-морские агенты (по современной терминологии — атташе), продолжавшие работу в не признававших правительство большевиков странах.
В течение навигации 1919 г. на Волге, Каме и сибирских реках активно действовали речные флотилии. Наиболее крупной из них была Речная боевая флотилия (Камская), созданная в силу приказа начальника штаба верховного главнокомандующего № 192 от 1 марта 1919 г. Командующий флотилией временно подчинялся командующему Сибирской армией чешскому генералу Р. Гайде. Снабжение флотилии проходило по линии Морского министерства, и в дальнейшем флотилия подчинялась сухопутному начальству только в оперативном отношении. Командующим флотилией стал контр-адмирал М.И. Смирнов (оставаясь при этом в должности управляющего Морским министерством).