24 февраля оппозиция избрала амиром “шуры” Шамиля Басаева, который сразу же обвинил Масхадова в “репрессиях против участников войны и сторонников независимости Чечни”, а также в том, что “вместо объединения нации президент разделил народ по религиозному принципу”.
Сформированный таким образом альтернативный центр власти в марте 1998 предпринял усилия, чтобы блокировать возможную поддержку “умеренного” режима Масхадова со стороны России. С этой целью в аэропорту Грозного был предпринят захват представителя МВД России генерала Шпигуна, чья безопасность была гарантирована чеченской стороной. Ответом России были предельно резкие высказывания руководителя МВД С.Степашина, означавшие почти немедленное введение экономической и военной блокады Чечни. Эти высказывания были смягченны лишь через несколько дней.
16 марта на общенациональном сходе в Грозном, Масхадов объявил о начале борьбы с преступностью и о масштабных кадровых перестановках в силовых ведомствах. Он также обвинил Саудовскую Аравию в финансировании оппозиционных сил и бандитских групп, действующих в Чечне. Масхадов предложил в каждом селе создать мобильные группы для противодействия незаконной деятельности как ваххабитов, так и филиалов оппозиционной “шуры”.
Продолжение обострения ситуации на административных границах с Чечней и обстрелы российских блок-постов привели к тому, что уже 28 мая 1999 года российские боевые вертолеты нанесли ракетный удар по территории Чечни — по позициям боевиков Хаттаба на реке Терек. Акция была проведена после того, как боевики попытались захватить заставу внутренних войск на дагестано-чеченской границе.
Летом 1999 противостояние между сторонниками Масхадова и радикальной оппозицией обостряется до предела.
4 июня чеченское телевидение беспрерывно передавало на русском и чеченском языках обращение Масхадова к народу и бойцам сопротивления: “Встаньте рядом со мной. Поддержите меня, как вы это сделали во время войны и на президентских выборах. Помогите мне избавить Чечню от принявшего массовый характер позорного явления, связанного с похищением людей”. Масхадов объявил, что республика “находится на грани междоусобной и межтейповой войны”.
12 июня, на следующий день после встречи Сергея Степашина и Аслана Масхадова, посвященной борьбе с оргпреступностью в Чечне, в Грозном 200 боевиков оппозиции пытались взять штурмом здание Службы национальной безопасности Чечни с целью освобождения лиц, арестованных за бандитизм и захваты заложников. В перестрелке, длившейся почти три часа, шесть сотрудников спецслужбы получили ранения, среди нападавших — более десяти убитых.