Режима Дудаева-Масхадова не смог воспользоваться возможностями ядерного терроризма, но нанес окружающей среде огромный ущерб другими методами. Чечня превратилась в сплошную зону экологического бедствия. Уже к 1995 году более 30 процентов территории Чечни характеризовались как зона экологического бедствия. Еще около 40 процентов территории республики имели статус зоны с особо неблагоприятной экологической обстановкой. В последующие годы экологическая обстановка еще более ухудшилась.
Главным источником загрязнения в Чечне стали частные мини-нефтезаводы и нефтеперегонные установки, число которых к августу 1999 составляло более 15.000. Построенные вопреки технологическим нормам, такие устройства наносили окружающей среде непоправимый вред. Легкие фракции переработки использовались, а тяжелые сливались на грунт. Это привело к формированию мощных очагов загрязнения нефтепродуктами подземных вод, зоны аэрации и почвы.
В Грозном в результате многолетних аварийных утечек нефтепродуктов из коммуникаций и хранилищ в зоне аэрации и грунтовом горизонте скопилось более 2 млн. тонн нефтепродуктов. В пределах этой территории (30 кв. км) сформирован грунтовый нефтеводоносный горизонт с верхним плавающим слоем нефтепродуктов мощностью до 12 м. На отдельных участках долины реки Сунжа этот слой выходит на поверхность путем открытого просачивания. Анализ режима нефтеводоносного грунтового потока за последние 10 лет показал, что скорость подъема нефтепродуктов достигает 1 метра в год. Все это, если не принять решительных мер, может привести к заболачиванию нефтепродуктами значительных площадей района города Грозный уже в ближайшие годы, то есть к экологической катастрофе.
Подземные воды не меньшей степени загрязнены нефтепродуктами, фенолами, аммиаком, органическими веществами, сульфатами и пестицидами — особенно в районах кустарных нефтеперерабатывающих заводов, нефтеперегонных установок, автозаправочных и наливных станций нефтебаз. Наиболее загрязнены нефтепродуктами и фенолом районы Грозного, сел Сары-Су и Карголинское, где ПДК превышены в 100 -1.000 раз.
В сельскохозяйственных районах наблюдается накапливание в подземных водах пестицидов — до 24 ПДК, органических веществ — до 13 ПДК. Увеличиваются минерализация воды — (до 9 ПДК) и содержание в ней сульфатов. Содержание нефтяных продуктов, превышающее ПДК в 15 раз, установлено и в целом ряде водозаборов, эксплуатирующих напорные воды до глубин 250 метров. Употребление воды из таких источников может вызывать сильное отравление и привести к поражению пищеварительного тракта и печени человека.