Как и в любой экстремистской, антидемократической организации «вождистского» типа, в Организации Украинских националистов возникла секретная карательная служба, которая с течением времени все более и более «подминала под себя» организацию в целом; в этом смысле история взаимодействия ОУН и СБ в точности повторяет историю ВКП(б) и ГПУ/НКВД. К 1943 году СБ превратилась в строго «вертикальную», никому не подотчетную структуру; отдельные «референтуры» СБ подчинялись только «главному референту СБ» и при этом имели право арестовать любого активиста движения, включая руководителей территориальных организаций ОУН. За арестом следовало «дознание», после которого признавшегося во всем зрадника оставалось только повесить. Оказаться невиновным арестованный мог лишь в редчайших случаях.
Так, на Волыни с января по октябрь 1945 г. из 938 человек, оказавшихся под следствием в СБ, было казнено 889, причем в Ковельском и Любомльском районах число казненных оказалось в точности равно числу арестованных.
Руководивший этими расправами референт СБ на Северо-Западных украинских землях Б. Козак (псевдоним «Смок») был позднее переброшен на Тернополыци-ну, где провел массовую «чистку рядов» в округе «УПА-Юг». За несколько месяцев было уничтожено полсотни командиров, включая начальника штаба «округа», политического референта, начальника школы минеров, десятка командиров куреней (батальонов). Всего же — вместе с членами семей «изменников» — было казнено 6 тыс. человек! И таких «Смоков» в системе СБ было немало. Зловещей фигурой был и «главный референт» бандеровской СБ Мыкола Арсенич («Михайло»). По его инициативе, начиная с осени 1943 г., проводились т. н. «капитальные чистки» (осень 43 г., сентябрь 44 г., весна и ноябрь 45 г.), в ходе которых массово арестовывались и уничтожались «подозрительные», к которым причислялись бывшие «бульбовцы» и «мельниковцы», выходцы из восточных областей Украины (східники), примкнувшие к движению русские и евреи.
В ряде случаев дело доходило до вооруженных столкновений между «оперативниками» СБ и возмущенными безудержным террором бойцами УПА. Так, в районе села Марьяновка Сарненского района произошел настоящий бой между отрядами УПА и СБ, после которого 18 пленных «эсбистов» были повешены. В этот пылающий «костер» органы НКВД ловко подбрасывали «дровишки» в виде укомплектованных бывшими оуновцами «спецбоевок». В течение 45–46 гг. было создано полторы сотни таких групп общей численностью более 1800 человек. Действуя под видом «боевок СБ», эти «лже-бандеровцы» терроризировали население, вносили дополнительную нервозность и неразбериху в рядах националистического подполья.