К переменному составу относились осужденные военнослужащие. Ими могли стать лица младшего, среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава Красной Армии, Флота, внутренних и пограничных войск НКВД, допустившие при прохождении воинской службы трусость, неустойчивость или иные правонарушения либо преступления. В соответствии с приказом командира дивизии или бригады (по корпусу — в отношении личного состава корпусных частей; по армии и фронту — соответственно в отношении частей армейского и фронтового подчинения) они направлялись в штрафные батальоны на срок один-три месяца. Командиры и комиссары батальонов и полков могли быть направлены в штрафбат только по приговору военного трибунала фронта.
В штрафные батальоны на те же сроки могли направляться по приговору военных трибуналов (тыловых и действующей армии) лица командного, политического и начальствующего состава, а также рядовые, осужденные с применением отсрочки исполнения приговора. О лицах, направленных в штрафной батальон, немедленно доносилось по команде с уведомлением Военного совета фронта с приложением копии приказа или приговора.
Перед направлением в штрафной батальон штрафника ставили перед строем его части (подразделения), после чего зачитывался приказ по дивизии или бригаде (корпусу, армии или войскам фронта соответственно), в котором разъяснялась сущность совершенного преступления. Офицеры, направлявшиеся в штрафной батальон, подлежали разжалованию в рядовые; государственные награды у них отбирались и на время пребывания их владельца в штрафном батальоне передавались на хранение в отдел кадров фронта. Штрафникам выдавалась красноармейская книжка специального образца, которая ограничивала право перемещения зоной ответственности их войсковой части.
При необходимости штрафники могли назначаться на должность младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта. В период пребывания военнослужащего в штрафной части прекращалась выплата денег его семье по денежному аттестату командного и начальствующего состава, выплачивалось лишь пособие, установленное указами Президиума ВС СССР от 26 июня 1941 г. и от 19 июля 1942 г. для семей красноармейцев и младших командиров.
Военнослужащий штрафного батальона, проявивший в боях мужество и самоотверженность, мог быть освобожден досрочно по ходатайству командования батальона, утвержденному Военным советом фронта. Все освобожденные из штрафного батальона восстанавливались в звании и правах. За особо выдающиеся боевые заслуги штрафник мог быть представлен к правительственной награде. В основном их награждали медалью «За отвагу», редко — орденами Красной Звезды или Боевого Красного Знамени. Звание Героя Советского Союза штрафникам старались вообще не присуждать, а если и присуждали, то только посмертно и в печати о том, что награжденный — штрафник, естественно, также не сообщали. Попасть же в штрафники было легче легкого: подслушал твой разговор с товарищем замполит, не так что-нибудь сделал, с ротным не поладил, все — штрафбат твой «товарищ». Летчики, направленные в штрафные подразделения, продолжали летать, но сбитые ими самолеты им не засчитывались, а отмечались как сбитые в других подразделениях…