Ранним утром 15 сентября Военный совет Белорусского фронта издал боевой приказ № 01, из которого следовало, что «белорусский, украинский и польский народы истекают кровью в войне, затеянной правящей помещичье-капиталистической кликой Польши с Германией. Рабочие и крестьяне Белоруссии, Украины и Польши восстали на борьбу со своими вековечными врагами помещиками и капиталистами. Главным силам польской армии германскими войсками нанесено тяжелое поражение. Армии Белорусского фронтас рассветом 17 сентября 1939 г. переходят в наступление с задачей — содействовать восставшим рабочим и крестьянам Белоруссии и Польши в свержении ига помещиков и капиталистов и не Допустить захвата территории Западной Белоруссии Германией. Ближайшая задача фронта — уничтожить и пленить вооруженные силы Польши, действующие восточнее литовской границы и линии Гродно — Кобрин». Конкретные задачи войскам совпадали с приказом наркома обороны от 14 сентября.
Витебская, Бобруйская и Минская армейские группы Белорусского округа 15 сентября были развернуты соответственно в 3-ю армию под командованием комкора В.И. Кузнецова, 4-ю армию комдива В.И. Чуйкова и 11-ю армию комдива Н.В. Медведева. Кроме того, из управления Московского округа согласно приказу Генштаба от 9 сентября выделялось управление 10-й армии во главе с комкором И.Г. Захаркиным, передававшееся в состав Белорусского фронта. Из войск Калининского округа формировалась Конно-механизированная группа под командованием комкора В.И. Болдина.
Житомирская, Винницкая и Кавалерийская армейские группы Киевского округа с 16 сентября были переименованы соответственно в Шепетовскую под командованием комкора И.Г. Советникова, Волочискую во главе с комкором Ф.И. Голиковым и Каменец-Подольскую командарма 2-го ранга И.В. Тюленева. Позднее после ряда переименований они были преобразованы в 5-ю, 6-ю и 12-ю армии.
Вечером командующий Белорусским округом пограничных войск НКВД отдал приказ № 1, определявший основные задачи погранвойск: а) с началом боевых действий — уничтожение польской пограничной охраны на тех участках, где не будут наступать части РККА; б) с продвижением войск армии — не допускать перехода гражданского населения с нашей территории и кого бы то ни было с польской территории через существующую границу СССР. Части, подразделения и отдельных военнослужащих РККА пропускать через существующую границу СССР беспрепятственно. До 5.00 17 сентября 1939 года пограничники должны были нести службу по охране госграницы в обычном режиме.
Одновременно были поставлены задачи сформированным в ведомстве Л.П. Берии девяти оперативно-чекистским группам, численностью от 40 до 70 человек. Каждой группе придавался батальон бойцов из состава пограничных войск. На эти группы возлагалась организация временных управлений в занятых городах и создание аппаратов НКВД на местах с целью «подавления контрреволюционной деятельности». На «освобожденных» от угнетателей территориях следовало немедленно взять под контроль пункты связи, хранилища денег и ценностей, архивы и типографии. Само собой, провести аресты правительственных чиновников, руководителей всех партий и прочих реакционных элементов; обеспечить революционный порядок, не допустить диверсий, саботажа, грабежей.