Военно-морской флот в свете полученного задания оказался в весьма стесненном положении. Речь больше не шла о смелой рискованной операции; проведение и обеспечение вторжения в районе значительно превосходящего противника требовало полного использования всех имеющихся в распоряжении военно-морских сил. Они были достаточно незначительны и понесли уже ощутимые потери. В распоряжении имелись линкоры «Шарнхорст» и «Гнейзенау», броненосец «Лютцов» («Адмирал Шеер» стоял в верфи на ремонте двигателей), два тяжелых и четыре легких крейсера («Лейпциг» из-за пробоины от торпеды стоял на ремонте в верфи), 14 эсминцев (два эсминца затонули в феврале 1940 года из-за ошибочного нападения немецкого самолета, остальные шесть ремонтировались), семь торпедных катеров (оставшиеся ремонтировались или стояли в верфи), остальные — минные тральщики и вспомогательные суда. Имеющиеся в распоряжении транспортные суда были также немногочисленными. Это привело к тому, что не мог быть проведен захват Намсуса и Ондалснеса, что считала желательным группа XXI. Позднее высадились англичане, и разразился тронхеймский кризис.
Расчет предоставляемых сухопутных сил зависел сначала от возможностей морского транспорта, в частности самых важных для первой высадки на берег оперативных десантных средств на военных кораблях. Постепенно (что и было сделано в течение операции) могли бы подвозиться другие соединения. Прочая подготовка военно-морского флота касалась получения и исправления морских карт, определения площадок для высадки, длины набережной и т. д., учреждения лоцманской службы в минных заграждениях в проливах Большой и Малый Бельт, в Зунде и в Гедсере и, наконец, подготовка к расстановке военных плавучих маяков в проливе Каттегат. Нужно было готовить персонал для занятия береговых укреплений и информационных центров. Необходимо было считаться с тем, что большая часть назначаемых кораблей будет потеряна, и тогда, возможно, военно-морской флот как часть вермахта не сможет больше действовать до конца войны. Только исключительные причины были в состоянии оправдать такое боевое использование. Военно-морское руководство медлило до самого конца и отказывалось признавать принятое решение оптимальным. Невзирая на многочисленные исследования и соображения иного характера, оно видело в поддержании нейтралитета Норвегии лучшее для Германии решение. Случай с «Альтмарком» вызвал, однако, перемену в оценке ситуации; с этого момента Верховное командование военно-морского флота было убеждено, что силовое вмешательство на севере неизбежно и что нужно своевременно опередить с уверенностью ожидающийся враждебный удар-вторжение. Точку зрения на решающий характер операции в Норвегии не разделяли в Генеральном штабе сухопутных войск, к которому присоединилась также военная авиация. По мнению этих обоих главных штабов, военное решение необходимо было искать на западе; в противоположность этому захват Дании и Норвегии имел только второстепенное значение и представлял опасное расщепление сил. И все-таки обеспечение северного фланга лежало также в интересах Генерального штаба сухопутных войск, который принимал в расчет жесткую и продолжительную борьбу на западе.