Комиссия имела сравнительно широкую программу собирания информации. Ее внимание сосредоточивалось на выявлении данных о политике и конкретных мероприятиях большевистских властей и организаций, направленных на уничтожение демократических организаций и органов и замену их насильственным путем "советскими организациями, основанными на диктатуре меньшинства". Внимание Комиссии привлекали действия большевиков, связанные с ликвидацией "органов судебной власти, регулируемых законом", и подмену их "безответственными трибуналами", руководимыми "революционной совестью", порядок и последствия этой подмены, "уничтожение организованной, юридически подготовленной" судебной защиты. Помимо этого, Особая Комиссия призвана была заниматься расследованием деятельности большевиков в духовно-политической сфере - ликвидацией принципа свободы совести и гонениями против церкви и ее служителей, уничтожением свободы слова и собраний, ликвидацией неприкосновенности личности и т.д. В сферу внимания включались и социально-экономические вопросы, в том числе "национализации, конфискации, реквизиции, контрибуции", "деморализация рабочего класса", "сокращение производительности труда", "принудительные способы проведения коммунистических начал вообще и диктатуры пролетариата, в частности", "принуждение к унизительным и не в меру тяжелым работам, лишение продовольственного пайка". Организаторы Комиссии считали необходимым расследовать факты привлечения к управлению страной лиц с уголовным прошлым, лиц, не имеющих даже элементарного образования, подчас алкоголиков и наркоманов. В целом Комиссия должна была выявить характер как "общего террора", так и "индивидуального террора как способа возмездия и устрашения". Таким образом она должна была обосновать вывод о "противоречиях между программными обещаниями коммунистов и действительным их осуществлением".
Этой главной задаче должна была способствовать и деятельность самостоятельной, хотя и безусловно связанной с Особой комиссией второй комиссии, образованной для расследования крестьянской политики советской власти, в частности деятельности созданных большевиками комитетов бедноты, результатов насильственного создания коллективных хозяйств, конфискаций, изъятий, реквизиций урожая и скота и т. д.
Разумеется, в условиях ожесточенной гражданской войны в России деятельность Особой комиссии не могла не оказаться под глубоким влиянием политических взглядов и настроений антибольшевистских деятелей Вооруженных сил Юга России и связанных с деникинской армией гражданских лиц широкого партийного спектра от правых монархистов до левых кадетов. Такой политический настрой, означавший "презумпцию виновности" большевиков, по-видимому предопределил некоторые неточности и преувеличения в описании отдельных конкретных фактов большевистского террора. Обращает на себя внимание, что в ряде документов Особой комиссии более или менее откровенно прослеживаются нотки русского великодержавного шовинизма, в частности антисемитские настроения ее членов, весьма распространенные в деникинской армии.