Во время занятия Новочеркасска большевиками архиепископ Донской и Новочеркасский Митрофан оставался в своих покоях. На другой день, 13 февраля, к нему ворвались четверо вооруженных матросов. Не снимая шапок, с папиросами в зубах, угрожая револьверами, они заявили в самой грубой форме, что должны произвести обыск. На предложение предъявить соответственное полномочие один из матросов подал удостоверение своей личности. Когда ему заметили, что в удостоверении не говорится о праве обыска, матросы заявили, что по такой бумаге они везде обыскивают. Войдя в кабинет и спальню архиепископа, матросы перерыли все. Ничего не обнаружив, они обратились к архиепископу и бывшему с ним протоиерею Артемьеву со словами: "Вы, товарищи, скажите по совести: есть у вас оружие или нет". Получив отрицательный ответ, они удалились. Через несколько часов явилась новая группа матросов, человек пятнадцать. На этот раз во время обыска матросы взяли все более или менее ценные вещи, вплоть до очков в золотой оправе. После обыска матросы заявили, что архиепископ арестован. Когда архиепископ, выходя из дому, перекрестился, по его адресу посыпались насмешки: "Молиться стал; думает, Бог ему поможет; хотя и не молись, какой там еще Бог". На извозчике архиепископ Митрофан был отвезен на вокзал в штаб. В штабе выразили удивление по поводу ареста. Когда же матросы заявили, что архиепископ проклинал большевиков, решили, что "это дело нужно разобрать", и архиепископа повели в Атаманский дворец. Его сопровождали те же матросы и толпа народа. Толпа и конвоиры требовали, чтобы арестованный, несмотря на преклонный возраст и высший сан, шел в город по грязи пешком. "Будет тебе в карете ездить, походи-ка пешком, -- раздавались возгласы, -- новочеркасского бога ведут", "вот ему чего надо", -- кричал народ, потрясая кулаками. Когда утомившийся архиепископ попросил разрешения отдохнуть, ему предложили сесть в грязь, а когда он отказался, матрос воскликнул: "А, ты, буржуй, в креслах привык сидеть. Не хочешь на землю садиться, так иди". В Атаманском дворце допроса не состоялось, и архиепископ на этот раз был отправлен на гауптвахту, где его заключили в грязную одиночную камеру вместе с войсковым атаманом генералом Назаровым и еще одним офицером. Спать приходилось вдвоем на голой лавке, которая днем служила сиденьем. Через маленькое отверстие камеры все время раздавались брань и угрозы. Сначала к архиепископу беспрепятственно пропускали посетителей, затем эта льгота была прекращена; свободно допускались лишь те, кто являлся с явным намерением глумиться. Лишь через десять дней это заключение окончилось после приговора военно-революционного суда, признавшего архиепископа невиновным.