О модернизации L-59 речь пока не идет. Однако поставленные в Тунис самолеты эксплуатировались очень интенсивно, что потребовало провести их капремонт. С помощью чехов он был организован на тунисской авиабазе Бизерта. Работы начались в 2002 г.. а первый отремонтированный здесь L-59T поднялся в воздух 23 августа 2003 г. под управлением водоходовских летчиков-испытателей М Шютцера и Р. Стройна.
Украино-израильский L-39U. Аэрокосмическая выставка "Aвiacвiт-XXI». Киев, сентябрь 2002 г. (слева). Подфюзеляжная пулеметная установка L-39U (вверху). Приборное оборудование переднего рабочего места L-39U (внизу)
Приборное оборудование передних рабочих мест L-39ZA, L-59 и L-139
На разных аэродромах
Как уже отмечалось, эксплуатация -Альбатроса- началась на его родине. Первые пять предсерийных самолетов поступили во 2-й учебный авиаполк (УАП) Высшей летной школы в Кошице. По мере выпуска в это учебное заведение направили и другие чехословацкие L-39C. а также три L-39V Еще три буксировщика мишеней использовали в Учебном центре ВВС на базе Кухиня Самолеты L-39ZA были распределены по разным авиачастям.
В Чехословацкой Народной Армии -Альбатросы- нашли применение не только для решения учебных задач, но и для борьбы с воздушными целями. Дело в том, что в 1980-е гг. участились случаи нарушения границы со стороны ФРГ вертолетами армейской авиации США Особенно ситуация обострилась в 1985 г. Попытки истребителей МиГ-21 перехватить нарушителей, вторгавшихся в воздушное пространство на малой высоте и следовавших с небольшой скоростью, оказались безуспешными. Тогда к боевому дежурству в системе ПВО решили привлечь звено L-39ZA из 2-й эскадрильи 39-го истребительно-бомбардировочного полка 28 сентября границу ЧССР в очередной раз нарушил американскии AH-1S. На перехват с аэродрома Жатка вылетел летчик 5-го ИАП надпоручик Пискаты. Получив наведение с земли, он быстро обнаружил нарушителя. Американец тоже заметил Альбатрос- и стал уходить Увлекшись погоней, Пискаты пересек границу и уже над территорией ФРГ обстрелял -Кобру- НАРами С-5. а затем вернулся на свою территорию. Изучение пленок фотоконтроля показало, что американский вертолет должен был получить повреждения. Другая сторона никаких заявлений по этому поводу не сделала.
После распада федерации на два государства наличный парк -Альбатросов- был распределен между ними. Доставшиеся Словакии L-39ZA применялись для борьбы с низколетящими малоскоростными ЛА, время от времени нарушавшими границу страны и перевозившими контрабанду либо нелегальных мигрантов. Новые времена принесли в биографию самолета события, казавшиеся ранее совершенно невозможными L-39 стали регулярными участниками различных военных учений в рамках НАТО. Например, с 6 по 17 сентября 2004 г. несколько чешских L-39ZA были задействованы в совместных с британцами маневрах Flying Rhino 2004.