Трудно судить, когда Иван III заметил произошедшую с Геннадием метаморфозу, но благожелательное отношение великого князя сменилось на враждебное. Геннадий рисковал повторить незавидную участь своего предшественника Феофила, смещенного Иваном Васильевичем. В 1479 году последнего избранного новгородцами архиепископа лишили сана, арестовали и отправили в Москву, где заключили в Чудов монастырь, то есть под надзор Геннадия. Знал новгородский владыка и о могущественном влиянии «неизвестных прелестников», вольным или невольным союзником которых он когда-то являлся. Что же внушало ему уверенность в правильности сделанного выбора и помогло во второй половине 1487 года внезапно «обнаружить» ересь и возвысить свой голос против богоотступников?
По нашему убеждению, эпизод с обнаружением ереси неразрывно связан с политической ситуацией, сложившейся в Новгороде. «Положение Геннадия осложнялось неприязненным отношением со стороны Ивана, а также тем обстоятельством, что его реальная власть была сильно ограничена действиями московских наместников», — указывает А. И. Алексеев[184]. Примерно в то же время, когда Геннадий занял епископскую кафедру, наместником города стал Яков Захарьин-Кошкин. Впервые он упомянут в летописи в этом качестве в 1485 году, когда по приказу великого князя боярин водил новгородские полки на Тверь. Яков Захарьин правил городом вместе с братом Юрием. Он не церемонился с опальным городом, обложив жителей непомерными штрафами, «ставил их на правеж». Обиженные и ограбленные новгородцы пытались найти справедливость у Ивана III. Тогда Яков Захарьин обвинил своих обличителей в государственной измене — покушении на жизнь наместника. Семь тысяч новгородцев были высланы в Москву — «занеже хотели убити Якова Захарьича, наместника Новагородского». Прочих мнимых или истинных заговорщиков — «иных думцев много Яков пересек и перевешал»[185].
Действовали ли Кошкины-Захарьины по своей инициативе, стараясь отвести от себя подозрения в лихоимстве, либо выполняли прямые указания великого князя относительно окончательного уничтожения новгородской элиты, в любом случае их действия поддержали в Москве. Геннадия Гонзова также с полным основанием можно считать московским церковным наместником. Первый назначенный архиерей из Москвы не смог обуздать глухое сопротивление местного духовенства, и ему пришлось вернуться восвояси. После столь очевидного фиаско Геннадию наверняка дали самые решительные наставления, а также предоставили полномочия по осуществлению карательных мер в отношении новгородского клира. Для выполнения задания требовалось скомпрометировать здешних иереев, отыскать повод для репрессий. В контексте драматических событий в городе «внезапное» раскрытие епископом ереси среди новгородских священников очень удачно сочеталось с раскрытием заговора среди новгородских бояр и купцов. Получалось, что новгородцы вынашивали преступные помыслы как по отношению к светским властям, так и по отношению к вере православной.