Петр I не уделял особого внимания Московскому Кремлю. Только в 1701 году здесь началось строительство Оружейного дома — Арсенала, с обширными двухъярусными подвалами. Тогда был замурован тайный ход из Угловой Арсенальной башни; столбы, на которых покоился фундамент Арсенала, перерезали внутристенный ход из Угловой Арсенальной к Никольской башне и его ответвление. А вот тайные проходы в кремлевской стене от Угловой Арсенальной башни до Троицкой были сохранены и починены. В 1707 году. когда возникла угроза нападения на Москву шведского короля Карла XII, Петр 1 издал указ «о гораздом укреплении фортеции Московской». За два года Кремль и Китай-город были обнесены земляным валом с бастионами. По мнению академика А. И. Соболевского (55), тогда-то и были засыпаны тайные ходы и палаты. За два столетия, прошедших со времени возведения кремлевских и Китайгородских стен, произошли значительные изменения в военном деле. Появление новых видов оружия, средств и приемов осады потребовало и укреплений иного типа. В. Н. Татищев писал о старых крепостях: «Те каменные стены и башни со стрельбы пушечной камением от стен более вреда осажденным (доставляли. — Т.Б.), нежели сами ядра причиняют, тогда вместо оных стали делать раскаты и стены земляные». Так и поступили в Москве. Что же касается вылазов и слухов, то можно предположить следующее: петровские военачальники, о «сапах и подкопах с подкопщиками рассудя», порешили забить их землей.
При последующих правителях в XVIII–XX веках тайники обваливались от ветхости, замуровывались, перерезались фундаментами зданий, некоторые из подземных ходов были превращены в сточные каналы. В начале XIX века П. С. Валуев, причастный к уничтожению старинных построек Кремля, писал: «По понятию моему о пользе казны и славе моих государей, истребил я без огласки летом два застенка, яко памятники времен жестоких и бесчеловечных, употребя из них материал для исправления древностей[…]»
Как для Московской дворцовой конторы, так и впоследствии для комендатуры Московского Кремля древние подземные сооружения являли лишь досадную помеху. А посему остается только гадать, сколько еще уникальных памятников средневековой архитектуры было уничтожено «без огласки»…
Интерес к подземным тайнам Кремля испытывали многие историки, археологи, архитекторы. Однако в своих трудах они чаще всего лишь упоминали о существовании подземных сооружений древности, как, например, А. Ф. Малиновский в «Обозрении Москвы»: «Под всем почти Кремлем сделаны были […] подземные ходы с кладовыми палатами, прочно камнем выложенные, и с водопроводами из реки, на случай осады неприятеля». Попытки определить назначение, направление и протяженность тайников были весьма редки. Первым рискнул решительно «начертать» тайные ходы С. П. Бартенев. В 1912 году в книге «Московский Кремль в старину и теперь» он сообщил о двух подземных галереях-вылазах, тянувшихся от Тайницкой к Спасской и от Троицкой к Никольской башням, а оттуда в Китай-город. Несмотря на то что до сих пор неясно, откуда он взял сведения об этих тайниках (вероятнее всего, это была очередная версия), все последующие описатели Кремля, повествуя о его тайниках, усердно пересказывают С. П. Бартенева.