Развязка наступила в феврале-апреле 1682 года. После новой свадьбы здоровье царя резко ухудшилось. Тотчас бояре заторопились с возвращением «без малейшего замедления» из ссылки Матвеева. Но в марте наступило улучшение, как оказалось, последнее, и «нет больше вопроса о возвращении старого имперского канцлера Артамона Сергеевича». В середина апреля Федор Алексеевич опять слег. Разумеется, тут же дума и царские любимцы вспомнили о Матвееве. В движении последнего к Москве уже выявилась трагическая закономерность: чем хуже становилось здоровье несчастного царя, тем меньше верст отделяло Матвеева от столицы.
20-летний Федор Алексеевич скончался 27 апреля 1682 года. Его смерть положила начало политическому кризису. За отсутствием наследника у умершего царя престол должен был занять царевич Иван. Но его немощь дала основание обойти традиционный порядок престолонаследия. Верхи двора предпочли поддержать Нарышкиных. Исследователи по-разному объясняют этот выбор. Отмечалось, что при слабых Нарышкиных аристократия надеялась сохранить и упрочить свое влияние.
Дореволюционные исследователи, менее склонные подчеркивать узкокорыстные устремления боярства, писали об опасениях, которые внушала личность царевича Ивана Алексеевича. Ситуация будто бы грозила повторением мрачных времен «боярского правления» в малолетство Ивана IV. Многих к тому же пугала перспектива прорыва Милославских к власти. По-видимому, в той или иной мере в поведении правящей элиты присутствовали все эти мотивы — личные, корпоративные, государственные.
Велика была и роль патриарха Иоакима. Источники единодушно приписывают ему инициативу избрания Петра. Именно он вместе князем Б. А. Голицыным вывел Петра в Крестовую палату к боярам для крестоцелования.
Мы мало что знаем о процедуре избрания. Согласно правительственному объявлению о воцарении Петра, патриарх с духовенством и боярами стали совещаться, кому из братьев наследовать престол, и, «советовавше, положили, что тому избранию быти общим согласием всех чинов Московского государства людей». После этого участники совещания вышли на крыльцо к собравшимся московским чинам испрашивать их мнение. Все склонились в пользу младшего царевича, что якобы дало основание объявить его избрание с «общего… согласия». Конечно, этому официальному сообщению не во всем следует доверять. Оно подчеркивает редкое единодушие, которого на самом деле не было. Не случайно Долгорукие и Голицыны надели под платья панцири. Уже не раз цитируемый князь Борис Куракин уточнял: «Стало быть несогласие как в боярах, так и в площадных: одни поддерживали одного, а другие — другого. Однако ж, большая часть, как из бояр и из знатных и других площадных, так же и патриарх, явились склонны избрать меньшого царевича». Известны и примеры этого «несогласия». Дворянин Максим Сумбулов «продерзливо кричал… что по первенству надлежит быть на царстве» Ивану. Крики, однако, криками и остались, дело же решила позиция верхних страт двора и патриарха.