Настал черед московского гарнизона. В стрелецкие полки были отправлены царские грамоты с приказом идти в Троицу. Там отреагировали не сразу — раздумывали. От 25 августа сохранилась помета, сообщавшая о том, что в монастырь «против грамот» никто не пришел. 27 августа всем 18 стрелецким полковникам под страхом казни было вновь приказано явиться к царю. На всякий случай через головы полковников послали грамоты прямо стрельцам — велено было идти в монастырь всем начальным людям, до десятников включительно, прихватив с собой еще до десяти рядовых выборных стрельцов. Такая постановка вопроса загоняла полковников в угол: отговориться нечем, а вот голову потерять можно. Вот тут и выяснилось, что деньги решают далеко не все. Стрельцы дрогнули.
Чувствуя, что земля уходит из-под ног, в Троицу отправилась сама Софья. Но начать переговоры с Петром ей не дали. 30 августа в том самом Воздвиженском, где когда-то слетели головы Хованских, правительницу остановил боярин И. Б. Троекуров. Царевне приказано было поворачивать домой и ждать указа. К этому было прибавлено: если она не подчинится, то с ней поступят «нечестно». Эти слова прозвучали для Софьи как приговор. Ее уже не боялись, не брали под стражу — просто возвращали назад. За всем этим чувствовались уверенность и сила. И в самом деле, в этот день в Троицу пришли сразу 14 стрелецких полковников со стрельцами.
Тогда же были оглашены первые результаты розыска о Шакловитом. Все «изветы» о намерении Федора Леонтьевича поджечь Преображенское и убить государя приобрели характер официального обвинения. У Боярской думы потребовали выдачу преступника. Не успевшим приехать в Троицу думным чинам пришлось спешно доказывать свою лояльность Петру уже в кремлевских палатах.
3 сентября дума приговорила «вора Федку Шакловитова с товарищами» выдать государю. Федора Леонтьевича посадили на телегу и под конвоем повезли в Троицу. Возобновившийся розыск поставил судей в трудное положение. Сколь ни ненавистна была партии Нарышкиных царевна Софья, она все же принадлежала к царской семье. Выясняя правду, приходилось быть осторожными. Свой интерес преследовал и один из судей, Борис Голицын, двоюродный брат Василия Васильевича Голицына. Любимцу Петра очень хотелось вывести из-под удара своего родственника, по крайней мере освободить от обвинений в подготовке покушения на жизнь царя. Руководствовался Борис Алексеевич вовсе не привязанностью к рухнувшему «канцлеру». Обвинение грозило обесчестить весь род Голицыных. Все это означало, что главным ответчиком станет Шакловитый. Он изначально был обречен. Оставалось лишь уточнить статьи обвинения.