Решив этот важный для похода вопрос, Скобелев распорядился о постройке пристаней, найме крючников и заказе опреснителей, так как ни в Красноводске, ни на Михайловом посту пресной воды не было. Для подвоза грузов требовалось от 18 до 20 тысяч верблюдов с погонщиками и вьючной сбруей. Верблюды скупались: в Оренбургском крае, Хиве, Мангышлакском приставстве, между Атреком и Гюргеном и даже возле Буджнурда.
Удалось собрать и доставить на сборные пункты (Красноводск и Чикишляр) в июне-сентябре около 16 000 животных. Опасаясь, что дефицит перевозочных средств снова приведет к поражению, Скобелев командировал полковника Гродекова для формирования в северных провинциях Персии гужевого колесного транспорта. Кроме того, началось строительство конной железной дороги от Красноводска до Кизыл-арвата, которую впоследствии частично перевели на паровую тягу.
Ахалтекинский оазис можно было взять только внезапным ударом значительных сил, имея возможность доставить войскам все необходимое. А для этого требовалось построить железную дорогу. В Петербурге Скобелев докладывал об этом, но не настаивал, опасаясь запугать правительство огромными расходами. Однако обстоятельства заставили именно так решать вопросы снабжения войск.
Убедившись в достатке перевозочных средств, Скобелев начал формировать этапные линии для снабжения отряда всем необходимым. Заготовку мяса вели с подряда, но на всякий случай в окрестностях Петровска собрали 196 800 голов живого скота и запас пищевых консервов.
Зная по личному опыту, какое значение придают азиаты артиллерии, Скобелев, кроме устарелых орудий (4- и 9-фунтового калибра и картечниц), полученных в кавказских складах, просил прислать в отряд три легкие батареи дальнобойных орудий, десять >1/>2 пудовых мортир, морские картечницы, ручные мортирки и гранаты. Этим он довел число орудий до 10–12 на 1000 человек. А запас патронов и снарядов составил 6 комплектов.
Для лечения больных и раненых, в дополнение к Красноводскому лазарету на 100 человек, развернули Чикишлярский (200 коек) и Чатский (400 коек), добавили один госпиталь в Красноводске на 200 мест и 2 госпиталя — в резерве.
К приезду Скобелева в Чикишляр (7 мая) на Атрекской линии войска заняли и оборудовали этапы: Чикишляр, Кираджа-батыр, Яглы-олум, Чат и Дузолум. Всего на линии находились: 26 рот, 8 сотен казаков, 8 запряженных, 10 незапряженных орудий и 1 команда (4570 человек и 1786 лошадей).
В Дуз-олуме (база экспедиционного отряда) уже имелся месячный запас муки на 8000 человек, то есть шестая часть требуемого, и Скобелев решил продвинуться вперед, заняв для этого Ходжа-кала, узел двух дорог, расходящихся отсюда в оазис. Для этого он сформировал два отряда: передовой (7 рот, 4 сотни, 18 орудий), под командованием полковника Гродекова, и подвижной резерв (3 роты, 1 сотня, 4 орудия) — для содействия, в случае необходимости, передовому.