В Петербурге о непосредственном контроле над Степью тогда и не думали. С. И. Попов разработал проект административного устройства в Степи, смешанного из русских чиновников и казахских старшин. В 1823 г. в Степи поселили части казачьих полков и создали Омскую область, а на следующий год — ее первые «заграничные» округа: Кокчетавский и Каркаралинский, в которых находились открытые С. И. Поповым руды и уголь.
Затем началась разведка месторождений руд и угля уже под охраной казаков. В 1830 г. С. И. Попов послал старшего сына в юго-восточный Казахстан на поиски россыпей золота. До конца 40-х годов XIX в. его добыли там более 328 кг. Завод по переработке свинцово-серебряной руды ежегодно давал в это время по 820 т. свинца и 656 кг серебра. Вслед за продвижением разведочных партий С. И. Попова, покупкой или арендой земли у казахов один за другим создались новые «заграничные» округа Омской области: Аяузский, Барнаульский и др. Только во время Крымской войны 1854–1855 гг., когда блокада прервала импорт, из поставленной Поповым руды Петербург за 2 года получил 4100 т. свинца, 8200 кг серебра, а ежегодная добыча угля достигла 9840 т.
К северу от Алтайских гор и Барнаульских равнин на берегу Оби стоял городок Колывань, который еще в начале XIX в. был простым острогом и имел некоторое значение как место рыбной ловли и рынок земледелия. Главным торговым центром этого региона стал Томск, лежащий близ правого берега Томи, в 100 км от слияния этой реки с Иртышом. Из всех городских поселений Сибири Томск, может быть, наиболее походил на европейский город по архитектуре, роскоши магазинов, оживлению главных улиц. Уже во второй половине XVII в. Томск непосредственно торговал с Бухарой, и татарские купцы занимали в нем особый квартал. Томские казаки — самые предприимчивые колонизаторы, стали истинными завоевателями Сибири. Услуги, которые они оказали, распространяя русское могущество, были признаны и награждены в XVII в. званием «боярских детей». Сотни рабочих мыли золото. Гордость Томска — единственный тогда в Сибири университет. Как все города Сибири, Томск лежал на огромном пространстве. В 1876 г. пароходная пристань находилась в 7 км от центра.
К востоку от Томска к городам Мариинск и Ачинск, лежащим в бассейне реки Чулым, с 1866 г. поднимались пароходы. Но ниже по течению Оби так называемые города состояли из групп невзрачных домишек. Далее, на всем пространстве от Томска до слияния Иртыша с Обью, то есть на расстоянии более 1600 км, стояли только два бедных городка, или вернее местечка: Надым (по-остяцки болото) — ниже впадения реки Кеть в Обь и Сургут — при устье небольшого притока того же имени, откуда вывозили в большом количестве кедровые орехи. Чтобы достать кедровые шишки, туземцы карабкались высоко на деревья при помощи железных крючьев, привязанных к рукам, ногам и груди.