Затем, 11 июля того же года, все войска Дальнего Востока и вновь туда посылаемые свели в четыре армейских корпуса (I, II, III Сибирские и Десантный). Кроме того, в Приамурском округе разворачивались батальоны 2-й линейной бригады, а затем и 1-й линейной бригады (в 2-батальонные стрелковые полки). Во Владивостокской крепости пехотный полк развернули в два 2-батальонных крепостных полка и вновь сформировали четыре запасных батальона. Однако из-за малой пропускной способности Сибирской железной дороги и речного флота Амура до прибытия этих подкреплений войскам Приамурского округа пришлось обходиться собственными силами.
Для удобства управления войсками Маньчжурию разделили на две части: северную — до условной линии, проходящей через железнодорожную станцию Телин, в которой действовали войска Приамурского военного округа генерал-лейтенанта Гродекова; и южную (войска Квантунской области) вице-адмирала Алексеева.
Для того чтобы вернуть под свой контроль КВЖД, кроме организации обороны Амура, предстояло построить военные дороги вдоль реки Шилка к Покровке, по Забайкалью от Сретенска к Хайлару, от Кайдалова на Хайлар и Цицикар и участками от Харбина к станции Пограничной, а также создать плавучие средства для сплава войск вниз по Шилке и затем по Амуру.
С началом боев Приамурский округ мобилизовал 53 батальона, 48 эскадронов и сотен, 18 пеших и конных батарей. Из них, за вычетом отправленных в Китай и Квантунскую область, осталось 36 батальонов, 40 эскадронов и сотен, 12 пеших и конных батарей. Одновременно с мобилизацией в обоих Сибирских округах шло формирование 16 запасных батальонов, 5 конных и пеших сотен казаков и различных тыловых структур. Сверх того, в двух округах Приморской области организовали народное ополчение из 30 пеших русских и 2 корейских сотен (суммарно 4131 человек).
Предполагаемая общая численность китайских сил в Маньчжурии (войска и милиция) простиралась до 100 000 человек.
Русские начали бои в Северной Маньчжурии для быстрого продвижения к Харбину, где под командованием генерал-майора Гернгросса собрались охранная стража и рабочие железной дороги. Для их выручки сформировали Харбинский отряд генерал-майора Сахарова, состоявший из: Хабаровской колонны генерал-майора Алексеева и Благовещенской колонны полковника Багенского, соединившейся у станицы Михайлово-Семеновской и отсюда на баржах и буксирных пароходах двинувшейся к Харбину;
Никольского отряда полковника Чижа, шедшего от станции Пограничной к Муданцзяну и охранной стражи из 7 рот и 18 сотен генерал-майор Гернгросса.